Modely predikující incidenci zhoubných nádorů na příkladu zhoubného melanomu v ČR

Mgr. Mariya Antonova

Bachelor's thesis

Models for prediction of cancer incidence: an example for malignant melanoma in the Czech Republic

Abstract:

Predikce incidence zhoubných nádorů je nutná z mnoha administrativních a vědeckých důvodů. Tato bakalářská práce má za cíl popsat a hodnotit metodiku predikce incidence a na základě epidemiologických analýz vybrat model pro predikci incidence, mortality a prevalence zhoubného melanomu v České republice pomocí vhodného statistického software. První kapitola obsahuje úvod do problematiky zhoubného melanomu – obecný popis onemocnění a jeho typy, rizikové faktory, epidemiologický přehled, diagnostická kritéria, léčbu a současný výzkum v dané oblasti. Dále jsou zmíněny základní epidemiologické pojmy, které následuje rozbor kvality dat Národního onkologického registru a popis vlivu TNM klasifikace na úplnost záznamů z hlediska jejich využití pro populační analýzy. Další část práce je praktická a zabývá se vyhodnocením epidemiologických charakteristik zhoubného melanomu v České republice za období 1977 – 2007. Modelovat incidenci a mortalitu lze pomocí modelů časových řad nebo regresních modelů. V nejrozsáhlejší části práce jsou jednotlivé metody popsány a následně ve srovnání predikčních modelů jsou zmíněny jejich výhody a nevýhody. Třetí kapitola je také doplněna o krátký souhrn metodiky hodnocení populačního přežití. Závěr práce je věnován aplikaci modelu ARIMA (1,1,0) a poissonovské regrese na data NOR o zhoubném melanomu za období 1995 – 2007. Predikce incidence, mortality a prevalence je vytvořena pro období 2008 – 2011, realizace výpočtů je provedena v prostředí SPSS a R 2.12.0. Vizualizace a tabelární souhrn epidemiologických analýz i provedených predikcí jsou umístěny v přílohách na konci práce.

Abstract:

Prediction of cancer incidence is needed for many administrative and scientific reasons. This bachelor thesis aims to introduce the methodological background for the prediction of incidence rates of malignant tumors and on the basis of the epidemiological analyses to choose a proper model for prediction of incidence, mortality and prevalence rates of malignant melanoma in the Czech Republic using the appropriate statistical software. The first chapter contains introduction to some malignant melanoma issues such as general cancer description and melanoma types, risk factors, epidemiological survey, diagnostic criteria, treatment and current research. Furthermore basic epidemiological terms are mentioned. This part of bachelor thesis is followed by quality analysis of the Czech National Cancer Registry data and by description of the TNM classification and its influence on the completness of records entirety with regard to their usage for population analysis. Next chapter is practical and deals with the evaluation of malignant melanoma epidemiological characteristics in the Czech Republic for the period 1977 – 2007. Incidence and mortality rates can be predicted using time series or regression models. Various methods are described in the theoretical part of the thesis, consequently their advantages and disadvantages are critically discussed in the comparison with other predictive models. The third chapter is also supplemented by a brief summary of the methodology of population survival estimates. The final part is devoted to the application of the ARIMA (1,1,0) model and poisson regression on the CNCR malignant melanoma data for the period 1995 – 2007. Predictions of incidence, mortality and prevalence rates are made for the period 2008 – 2011, calculations are performed in SPSS and R software. Visualization and tabular summary of the epidemiological analysis and the estimated predictions are attached at the end of this bachelor thesis.

Keywords

Zhoubný melanom, rizikové faktory, epidemiologie, incidence, mortalita, prevalence, věková standardizace, NOR, TNM klasifikace, dlouhodobý trend, predikce, klinické stadium onemocnění, modely časových řad, regresní modely, poissonovská regrese, ARIMA. Malignant melanoma, risk factors, epidemiology, incidence rate, mortality rate, prevalence rate, age standardization, CNCR, TNM classification, long-term trend, prediction, clinical stage of disease, time series models, regression models, Poisson regression, ARIMA.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 23. 5. 2011

Thesis defence

• Date of defence: 10. 6. 2011
• Supervisor: doc. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Mathematical Biology