Evoluční a funkční aspekty nefotosyntetizujících plastidů vybraných eukaryot

Bc. Martin SOKOL

Master's thesis

Evolutionary and functional aspects of nonphotosynthetic plastids of selected eukaryotes

Abstract:

Plastidy vykonávají krom fotosyntézy mnoho dalších funkcí, mezi které patří například metabolismus škrobu, mastných kyselin, nebo například syntéza hemu. Analyzoval jsem transkriptom nedávno objeveného druhu zelené řasy, neformálně označovaného jako Amazonie, a zrekonstruoval jsem metabolické dráhy, které se v jejím plastidu (zcela nebo částečně) odehrávající. K popisu metabolických funkcí plastidu jsem využil bioinformatické metody a nástroje a ve finále tak vytvořil relativně komplexní mapu metabolických procesů. Ta zahrnuje nejen ty běžné a předpokládané plastidové dráhy, ale rovněž dráhy syntézy řady kofaktorů, vitamínů, nukleotidů, terpenoidů a složek energetického metabolismu.

Abstract:

Photosynthesis aside, plastids carry out a wide range of functions including but not limited to starch metabolism and fatty acid and heme synthesis. The transcriptome of a recently discovered non-photosynthetic green alga, informally called Amazonia, was analysed and metabolic pathways that were expected to take place (entirely or partially) within the plastid were reconstructed. I employed numerous bioinformatic methods, tools, and sources to describe the metabolic functions that this non-photosynthetic plastid has. Consequently, quite a complex metabolic map of the Amazonia plastid has emerged. It harbors not only almost ubiquitous pathways such as fatty acid and amino acid synthesis, but also a number of cofactors, nucleotides, terpenoids, and compounds of energy metabolism.

Keywords

bioinformatika, řasy, metabolické dráhy, plastid, transkriptom

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 20. 1. 2020

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Date of defence: 7. 2. 2020
• Supervisor: doc. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Experimental Biology