Vyhledávání hypotetických lektinů v Calocera viscosa

Bc. Martin Šindelář

Bakalářská práce

Searching for hypothetical lectins in Calocera viscosa

Anotace:

Lektiny tvoří rozsáhlou skupinu proteinů podílejících se na mnohých buněčných interakcích a molekulárních reakcích v organismech. Díky jejich schopnosti vázat velmi specificky sacharidy mají veliké potenciální využití v biomedicínském či biotechnologickém výzkumu. Velký zájem v poslední době vzbudily lektiny z hub, které oproti rostlinným a živočišným lektinům jsou velmi málo probádány. Byly nalezeny unikátní lektiny s rozmanitými vlastnosti a dosud nepopsanými strukturami. Bylo zjištěno, že některé působí protinádorově, jiné se podílejí na imunomodulaci organismu. Některé mají antimikrobiální vlastnosti a možnost inhibice HIV-1 reverzní transkriptasy. Tato bakalářská práce je zaměřena na vyhledání hypotetických lektinů z houby Calocera Viscosa a na sběr bioinformatických dat pro možné budoucí laboratorní práce s nimi. Zaměřuje se na predikci postranslačních modifikací proteinů jako jsou disulfidické můstky a glykosylace, na predikci stability, rozpustnosti, lokalizace a na analýzu vybraných sekvencí pomocí sekvenční homologie, domén a 3D struktury. Sekvence genomu této houby byla zjištěna relativně nedávno, a není tudíž ani zdaleka vědecky prozkoumána.

Abstract:

Lectins are widely spread family of proteins that participate in many cellular and molecular interactions in organisms. Thanks to their ability to bind glycans very specifically they are potentially useful in biomedical and biotechnology research. Great interest has recently arose among fungal lectins. In comparison to plant and animal lectins, fungal lectins are poorly examined. Unique lectins were observed with a variety of properties. New structures of fungal lectins were described. It has been found that some of them have the ability to suppress tumor. Others are involved in immunomodulation of organism. Some possess anti-microbial properties and the ability to inhibit HIV-1 reverse transcriptase. This thesis is focused on the identification and gathering of bioinformatic data for possible future laboratory work with lectins from fungus Calocera viscosa. It is focused on the prediction of post-translational modifications such as disulfide bonds and glycosylation, on the prediction of stability, solubility, localization and on analysis of chosen sequences by sequence homology, domains and 3D structure. Genome of Calocera viscosa has been sequenced relatively recently and it is therefore far from being scientifically examined.

Klíčová slova

lektiny, lectins, Calocera viscosa

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 6. 2017
• Vedoucí: Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D., prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika