Automatizovaná analýza epidemiologických charakteristik z dat NZIS

Bc. Petra Kovačovicová

Master's thesis

Automated analysis of epidemiological characteristics based on National Health Registries of the Czech Republic

Abstract:

This master thesis deals with the generation of an automated report containing epidemiological characteristics. These reports are important as they provide a quick and concise overview of the selected disease and, with the help of epidemiological characteristics, we can get a picture of the population health. When indicators are age standardized, it is possible to compare countries for disease status over a given period of time. In particular, automation is used to speed up report making process and it also minimizes the calculation error. The work contains an overview of literature on the usability of administrative data for the analysis of epidemiological characteristics of diseases, a detailed description of epidemiological indicators and various options for their standardization. In order for the report to contain the real incidence values that are not increased by prevalence cases outside the time window, the time from which the net incidence was observed was calculated. A joinpoint regression and a mean survival time were used to determine each time window. These methods were applied to all three-digit ICD-10 diagnosis codes that met prespecified criteria. To create an automatically generated report, it was necessary to use the SQL language and the R program. In the practical part, the procedure of a presentation creation was described in detail for both software. The description also included evaluating the benefits and limitations of running R software on a local computer. Also, the entire presentation produced by automatic generation has been described. It included the demographic profile of the hospitalized, the incidence, the two types of prevalence and mortality, as well as the different age standardization of the calculated epidemiological characteristics. The script for generating epidemiological reports together with an estimate of the time from which real incidence is observed in administrative data is generally applicable to the relevant diagnoses of the combined data of the National Registry of the Hospitalized and the Letter of Death Survey.

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá tvorbou automatizovaného reportu, který obsahuje epidemiologické charakteristiky. Tyto reporty jsou velmi důležité, protože poskytují rychlý a stručný přehled o zvoleném onemocnění a s pomocí epidemiologických charakteristik můžeme získat obraz o zdravotním stavu obyvatelstva. Pokud jsou ukazatele věkově standardizované, je možné porovnávat země z hlediska stavu onemocnění v daném časovém období. Automatizace se používá zejména k urychlení tvorby reportu, ale také minimalizuje chybu při výpočtu. Práce obsahuje přehled literatury o využitelnosti administrativních dat pro analýzu epidemiologických charakteristik onemocnění, podrobný popis epidemiologických ukazatelů a různých možností jejich standardizace. Aby report obsahoval skutečné hodnoty incidence, které nejsou navýšeny o prevalenci případů mimo hodnocené časové okno, byl vypočten čas, od kterého byla pozorována čistá incidence. K určení každého časového okna byla použita joinpoint regrese a střední doba přežití. Tyto metody byly aplikovány na všechny třímístné MKN-10 kódy diagnóz, které splňovaly určitá kritéria. K vytvoření automaticky generovaného reportu bylo třeba použít jazyk SQL a program R.V praktické části byl pro oba softwary podrobně popsán postup pro vytvoření prezentace. Součástí popisu bylo zhodnocení výhod a limitací spuštění softwaru R na lokálním počítači. Také byla popsána celá prezentace, která vznikla automatickým generováním. Obsahovala demografický profil hospitalizovaných, incidenci, dva typy prevalence a mortality a také různé věkové standardizace počítaných epidemiologických charakteristik. Vzniklý skript pro generování epidemiologických reportů spolu s odhadem doby, odkdy v administrativních datech pozorujeme skutečnou incidenci, je pro relevantní diagnózy univerzálně aplikovatelný na kombinovaná data Národního registru hospitalizovaných a Listu o prohlídce zemřelého.

Kľúčové slová

Automatizovaný report, Epidemiologie, Věková standardizace, Joinpoint regrese, Střední doba přežití, Automated report, Epidemiology, Age standardization, Joinpoint regression, Restricted mean survival time

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 6. 2019
• Vedúci: RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D.
• Oponent: Ing. Milan Blaha, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Experimental Biology / Mathematical Biology