Sledování proměnlivosti diverzity myxozoí na toku řeky Malše analýzou environmentální DNA.

Bc. Veronika ŽÁNOVÁ

Master's thesis

Anotácia:

Hlavním cílem této studie bylo prohloubení poznatků o diverzitě myxozoí na řece Malši s použitím neinvazivní metody založené na detekci eDNA. Analýza zahrnovala vzorky vody a sedimentu z 15 lokalit na řece Malši původem ze čtyř sběrů. V práci byly použity molekulární, bioinformatické, fylogenetické a základní biostatistické metody pro porovnání variability mezi horním a dolním tokem s přihlédnutím na sezonalitu. Výsledky studie ukázaly překvapivou rozmanitost myxozoí na řece. Detailní srovnání nálezů z různých lokalit odhalily zajímavé vzorce v distribuci myxozoí a faktory, které ji ovlivňují (např. lidská činnost). Naše výsledky ukazují, že kombinace metabarkodování a eDNA analýzy je efektivním nástrojem pro monitoring myxozoí na rozsáhlém území.

Abstract:

In this study, we applied promising non-invasive eDNA metabarcoding to assess myxozoan biodiversity in the Malše river by detecting infectious myxozoan spore stages present in the aquatic environment. eDNA analysis was performed on both water and sediment samples from 15 localities spread along the course of the Malše river. Based on the metabarcoding approach and seasonal sampling, the biodiversity of myxozoans was compared on the upper and lower course, taking seasonality into account. A comparison of myxozoan diversity at each site looking at different variables (such as abundance, the number of all OTUs or captures) revealed interesting patterns in the distribution of each myxozoan group, influenced by, among other things, human activity. Our results show that combining metabarcoding and eDNA analysis is a powerful tool for the non-invasive and sensitive detection of myxozoan biodiversity suitable for large-scale monitoring applications.

Kľúčové slová

Myxozoa, environmentální DNA, eDNA, metabarkodování, biomonitoring, řeka Malše

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 4. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Parasitology