Molekulární charakteristika a rekombinační analýza genomu Apple chlorotic leaf spot virus

Pavel DOSTALÍK

Bachelor's thesis

Molecular characterization and recombination analysis of the gnome of Apple chlorotic leaf spot virus

Abstract:

Bakalářská práce se zabývá molekulární a genetickou variabilitou a fylogenetickou příbuzností izolátů viru chlorotické skvrnitosti jabloně (ACLSV). V teoretické části je popsáno taxonomické zařazení ACLSV spolu s charakterizací čeledi Betaflexiviridae a rodu Trichovirus. Zmíněny jsou struktura a složení virové částice ACLSV a biologické vlastnosti viru. Popsána je také virová RNA ACLSV a dalších virových druhů řadících se k rodu Trichovirus včetně charakterizace vlastností a funkcí jednotlivých virových proteinů a syntézy virové RNA ACLSV. Jsou charakterizovány variabilní a konzervované oblasti genomu, které byly zjištěny v jednotlivých čtecích rámcích ACLSV a dalších příbuzných druhů. Zmíněna je variabilita a okruh hostitelů zástupců rodu Trichovirus. Uvedena je řada států, kde byl zaznamenán výskyt ACLSV, dále jsou zmíněny příznaky infekce ACLSV na hostitelských druzích. V teoretické části jsou popsány metody detekce ACLSV a také ozdravování rostlin. V experimentální části byly získány sekvence jednotlivých čtecích rámců izolátu ACLSV 154 získaného ze stromu Prunus domestica. Dílčí nukleotidové sekvence ORF1, ORF2 a ORF3 byly dlouhé 3663 nt, 1288 nt, a 288 nt. Tyto sekvence vykazovaly nejvyšší procentuální identitu 81 % - 86 % se sekvencemi izolátů ACLSV B6, P863, GC10a a Be. Izolát se pravděpodobně řadí do klastru B6. Analýza v programu BLAST a fylogenetická analýza částí nukleotidových i aminokyselinových sekvencí jednotlivých čtecích rámců potvrdily vysokou variabilitu mezi sekvencemi izolátů ACLSV z různých zemí světa. Rekombinační analýza byla provedena mezi sekvencemi nukleotidů těchto izolátů.

Abstract:

The bachelor thesis deals with the molecular and genetic variability and phylogenetic relation of individual isolates of the Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV). The theoretical part describes the taxonomic classification of ACLSV and characterization of the family Betaflexiviridae and genus Trichovirus. There are also mentioned structure and composition of the viral particles of ACLSV and viral biological properties. The viral RNA of ACLSV and other viral strains belonging to the genus Trichovirus is described including the characterization of properties and functions of individual virus proteins and the synthesis of the ACLSV viral RNA. The theoretical part also contains characteristics of variable and conserved regions of the genome which are identified in the individual reading frames of ACLSV and other related species. There is also information about variability and host range of viruses from genus Trichovirus. Many countries where the occurrence of ACLSV has been reported are provided in the theoretical part of this thesis. The symptoms of ACLSV infection in host species are mentioned below. In the theoretical part, there are description of methods of detecting ACLSV and plant healing. In the experimental part was obtained sequences of individual ORFs of ACLSV 154 isolate obtained from a tree of Prunus domestica. The length of the partial nucleotide sequences of ORF1, ORF2 and ORF3 was 3663 nt, 1288 nt, 288 nt. These sequences exhibited the highest percent identity 81 % - 86 % with sequences of ACLSV isolates B6, P863, GC10a and Be. The Isolate probably belongs to the B6 cluster. Analysis by BLAST and phylogenetic analysis of parts of the nucleotide and amino acid sequences of individual reading frames confirmed the high variability between sequences of ACLSV isolates from different countries of the World. The recombination analysis was provided with nucloetides sequences of ACLSV isolates.

Keywords

Trichovirus, Apple chlorotic leaf spot virus, RNA, ORF, variabilita

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 28. 7. 2017

Thesis defence

• Supervisor: prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology