Analýza repetitivních sekvencí B chromozomu u druhu Sorghum purpureosericeum

Bc. Karel VRABKA

Master's thesis

Analysis of repetitive sequences of B chromosome in Sorghum purpureosericeum

Anotácia:

B chromozomy jsou nadpočetnou součástí karyotypu podléhající specifickému způsobu dědičnosti, které se vyskytují v genomech rozličných druhů rostlin i zvířat. Jejich přítomnost byla odhalena rovněž u rodu Sorghum, jehož zástupci mají hospodářský význam a i proto je podstatná správná identifikace genotypů jednotlivých rostlin. V této práci byla provedena úprava sekvenačních dat z rodu Sorghum purpureosericeum, na datech byla poté provedena komparativní klastrová analýza softwarem RepeatExplorer, jež vedla k identifikaci repetitivních sekvencí v genomu. Součástí výsledků práce je rovněž vyvinutý software ke zpracování a vizualizaci výsledků komparativní analýzy.

Abstract:

B chromosomes are supernumerary part of karyotypes characterized by specific type of chromosomes transmission rates, which are part of genomes of various plants and animals. Presence of B chromosomes was also discovered in species of Sorghum genus. Sorghum species are not only used in food industry, but also represent important source of genes, that could be used in breeding. This thesis describes a workflow for comparative analysis of repeat DNA from Sorghum purpureosericeum using RepeatExplorer cluster analyses. The software implemented for processing processing and visualization of RepatExplorer output files is a part of thesis result.

Kľúčové slová

B chromozomy, Sorgum purpureosericeum, RepeatExplorer, repetitivní sekvence DNA, DNA

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Mgr. Jan Bartoš, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Bioinformatics