Nová proteomická metoda iTRAQ-2DLC-MS/MS: Princip a uplatnění v bakteriální proteomové analýze

Mgr. Martina Cvešperová

Bakalářská práce

New proteomic method iTRAQ-2DLC-MS/MS: Princip and application in bacterial proteomics

Anotace:

V této práci jsme analyzovali membránové proteiny bakterie P. denitrificans WT metodou iTRAQ-2DLC-MS/MS. Jako MS/MS spektrometr byla použita iontová past. Zaměřili jsme se hlavně na expresi proteinů souvisejících s respiračními procesy a pro porovnání úspěšnosti značení peptidů jsme jako standard použili 6 protein MIX. iTRAQ reagenty jsou isobarické reagenty, které se váží na aminoskupinu peptidů a umožňují současnou identifikaci a kvantifikaci až 8-mi různých vzorků tandemovou hmotnostní spektrometrií. Díky tomu, že se dokáží vázat na aminoskupiny, jsou schopné označit většinu peptidů ve vzorku, a tedy i ty s posttranslačními modifikacemi. Ve směsi 6 protein MIX jsme identifikovaly i kvantifikovali 5 proteinů z 6. Naproti tomu v membránové frakci jsme byly schopni identifikovat 110 proteinů, z 13 fyziologicky nejvýznamnějších proteinů bylo možné kvantifikovat 4 proteiny. Z výsledků plyne, že je tuto metodu třeba dále optimalizovat.

Abstract:

In this study, we performed analysis of proteins from membranes of P. denitrificans WT bacterium using iTRAQ-2DLC-MS/MS approach. Ion trap was used as a MS/MS spectrometer. We targeted on the proteomic expression of the proteins which relate to respiratory chain of this bacterium. We used 6 protein MIX as a standard for checking effective labeling of peptides. iTRAQ reagents are a set of isobaric reagents which are amine specific and allow simultaneous identification and quantitation of up to 8 different samples using tandem mass spectrometry. The amine specificity of these reagents makes most peptides in a sample amenable to this labeling strategy with no loss of information about post-translational modifications. In 6 protein MIX, we identified and quantitated 5 proteins of the 6. In contrast, 110 proteins were identified in a membrane fraction, but from 13 significant proteins involved in the respiratory processes, only 4 proteins could be quantitated. This results show us, that this approach is need to optimalize.

Klíčová slova

iTRAQ reagent, MS/MS, P.denitrificans

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 16. 6. 2009
• Vedoucí: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie