Metody sekvenování nové generace (NGS)

Gabriela Guthová

Bachelor's thesis

Next generation sequencing methods (NGS)

Abstract:

Cílem této bakalářské práce je shrnout základní principy fungování genetických sekvenačních metod a možnosti jejich využití ve výzkumu. Dále jsou v práci zohledněny rozdílné parametry jednotlivých metod, jako například cena sekvenování, způsoby využitía chybovost čtení. V úvodní kapitole jsou popisovány tradiční metody sekvenování, které stály na počátku rozvoje tohoto odvětví. V rámci této kapitoly je také popsána metoda PCR (Polymerázová řetězová reakce), jejíž znalost je stěžejní pro pochopení principů sekvenačních metod.Následující kapitoly jsou věnovány metodám NGS (Sekvenování nové generace). U každé metody jsou popsány způsoby přípravy vzorků a následně samotného sekvenování. V práci jsou také zohledněny možnosti využití jednotlivých technologií.Jedna kapitola je věnována výzkumům v oblasti zoologie, pro které byly využity sekvenační metody. V rámci této kapitoly je demonstrována důležitost těchto metod pro další obory. Například medicínu, evoluční biologii nebo šlechtění užitkových zvířat.Poslední kapitola je věnována srovnání jednotlivých generací sekvenačních metod.

Abstract:

The main goal of this thesis is to summarize basic principles of genetic sequencing methods and their applications in research. Furthermore, different parameters of individual methods are taken into account in this thesis, such as the costs of sequencing, methods of use and reading error rate.The introduction applies to traditional methods of sequencing, which stood at the foundation of this industry. Principle of PCR (Polymerase Chain Reaction), which is crucial for uderstanding of genetic sequencing, is also described in this chapter.Further chapters are dedicated to the NGS (New Generation Sequencing) methods. For each of them, methods of samples preparation and sequencing are described. Possibilities of use of different technologies are also described in this part.One chapter is dedicated to applications of sequencing methods in zoological researches. The importance of genetic sequencing for medicine, evolutional biology and breeding programmes and other biological fields is mentioned. The last chapter is devoted to a comparsion of sequencing methods.

Keywords

Sangerova metoda, Illumina, 454 sekvenace, Ion Torrent, Nanopórové sekvenování

Keywords

Illumina, 454 sequencing, Ion Torrent, Nanopore sequencing, Sanger sequencing

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 17. 4. 2019

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Jakub Vašek, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources

Bachelor programme / field:
Animal Science / Companion Animals