Detekcia chromozomálnych aberácií v prenatálnej diagnostike

Mgr. Andrea ŠTEFEKOVÁ

Disertační práce

Detection of Chromosomal Aberrations in Prenatal Diagnosis

Anotace:

Prenatálna diagnostika zahŕňa súbor vyšetrovacích metód a postupov, vďaka ktorým sa dá odhaliť prítomnosť vrodených vývojových porúch u plodu. Dizertačná práca bola zameraná na určenie pridanej hodnoty pre záchyt patogénnych variant v prenatálnej diagnostike, pomocou metód MLPA a CMA a určenie efektivity týchto metód pre záchyt patogénnych variant v jednotlivých skupinách vrodených vývojových porúch u plodov. Na analýzu DNA boli použité prenatálne vzorky choriových klkov, plodovej vody alebo potratového tkaniva od tehotných pacientiek. Celkom analyzovaných bolo 1029 prenatálnych vzoriek. Z analyzovaného súboru plodov, po odčítaní aneuploidií - 107 (10,40 % N=1029) bolo analýzou karyotypu zachytených 22 štruktúrnych aberácií (2,39 % N=922) - 9 nebalansovaných zmien (0,98 %), 10 balansovaných zmien (1,08 %), 1 prípad nejasnej mozaiky (0,11 %), 1 prípad prítomnosti marker chromozómu (0,11 %) a 1 prípad diskordancie pohlavia (0,11 %). Všetky nebalansované zmeny boli potvrdené metódou MLPA alebo metódou aCGH. U 255 vzoriek s fyziologickým karyotypom, indikovaných k molekulárne cytogenetickému vyšetreniu na základe prevažne ultrasonografických nálezov u plodu, bolo zachytených celkom 8 (7,21 %) patologických variant metódou CMA. Metódou MLPA bolo z týchto 8 patogénnych variant zachytených iba 5 variant (3,47 %). Potvrdila sa vyššia úspešnosť záchytu patologických CNV variant metódou microarray než metódou MLPA. Záchyt patologických variant v skupine s izolovanými poruchami a mnohopočetnými vývojovými poruchami bol rovnaký (po 3 varianty v oboch skupinách), avšak vzhľadom na veľkosť analyzovaného súboru pacientov v týchto dvoch skupinách (izolované poruchy N=101, mnohopočetné vývojové poruchy N=22), bol záchyt v skupine s izolovanými poruchami nižší než v skupine s mnohopočetnými poruchami (5,08 % x 21,42 %).

Abstract:

Prenatal diagnosis includes a set of examination methods and procedures that can detect the presence of congenital developmental disorders in the foetus. This thesis aimed to determine the added value for the detection of pathogenic variants in prenatal diagnosis using MLPA and CMA methods and to determine the effectiveness of these methods for the detection of pathogenic variants in different groups of congenital developmental disorders in foetuses. Prenatal samples of chorionic villi, amniotic fluid or aborted tissue, from pregnant patients were used for DNA analysis. A total of 1029 prenatal samples were analysed in this work. From the analysed set of foetuses, after subtraction of aneuploidies - 107 (10.40% N=1029), 22 (2.39%) structural aberrations - 9 unbalanced changes (0.98%), 10 balanced changes (1.08%), 1 case of unclear mosaicism (0,11 %), 1 case of presence of a marker chromosome (0,11 %) and 1 case of sex discordance (0,11 %) were detected by karyotype analysis. All unbalanced changes were confirmed by MLPA or aCGH method. A total of 8 (7,21%) pathological variants were detected by the CMA method in 255 samples with physiological karyotype indicated for molecular cytogenetic examination based on predominantly ultrasonographic findings in the foetus. Of these 8 pathogenic variants, only 5 variants (3,47%) were captured by MLPA method. The higher success rate of capturing pathological CNV variants by microarray method than by MLPA was confirmed. The detection of pathological variants in the isolated disorders and multiple developmental disorders groups was the same (3 variants each in both groups); however, due to the size of the analysed set of patients in these two groups (isolated disorders N=101, multiple developmental disorders N=22), the detection rate in the isolated disorders group was lower than in the multiple disorders group (5.08% x 21.42%).

Klíčová slova

vrodené vývojové poruchy, microarray, Multiplex ligation probe dependent analysis, varianty so zmenou v počte kópií

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Pavlína Čapková, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Lékařská fakulta

Doktorský studijní program / obor:
Lékařská genetika / Lékařská genetika