Rozdělení kmenů Escherichia coli izolovaných z potravin do fylogenetických skupin

Bc. Zuzana TOMÁŠOVÁ

Master's thesis

Distribution of Escherichia coli Isolated from Food to Phylogenetic Groups

Abstract:

Escherichia coli se taxonomicky řadí do čeledi Enterobacteriaceae, jedná se o fakultativně anaerobní, gramnegativní tyčinky. E. coli slouží jako modelový mikroorganismus pro biochemické, genetické a fyziologické studie, je také důležitým indexovým a indikátorovým mikroorganismem. Hraje velmi důležitou roli v molekulární biologii, byly na ní objasněny základní aspekty regulace genové exprese. Cílem praktické části práce bylo izolovat bakteriální kmeny z potravin a u kmenů určených jako E. coli stanovit citlivost na antibiotika, produkci kolicinů a provést rozřazení do fylogenetických skupin (A, B1, B2, D). Z celkem 78 zkoumaných vzorků potravin bylo izolováno celkem 21 kmenů E. coli. Výsledky fylogenetické analýzy ukázaly, že 50 % kmenů patřilo do fylogenetické skupiny A, 45 % do skupiny B1, 5% do skupiny B2 a do skupiny D nebyl zařazen žádný kmen. Při vyšetření citlivosti na antibiotika bylo zjištěno, že všechny kmeny byly odolné alespoň vůči jednomu antibiotiku, v 84 % případů se dokonce jednalo o multirezistenci. Produkce kolicinů byla prokázána u dvou kmenů.

Abstract:

Escherichia coli taxonomically belongs to the family Enterobacteriaceae, it is an anaerobe facultative, Gram-negative, rod-shaped bacterium. E. coli is a model organism for biochemical, genetic and physiological studies, and it is also an important index and indicator microorganism. It plays a very important role in molecular biology - the basic aspects of gene regulation have been elucidated on E. coli. The aim this work was to isolate bacterial strains from food. Among determined E. coli strains assess the sensitivity to antibiotics, colicin production and classiry them into phylogenetic groups (A, B1, B2, D). From a total of 78 food samples examined were gained a total of 21 E. coli. Results of phylogenetic analysis showed that 50% of strains belonged to phylogenetic group A, 45% to group B1, 5% to group B2, and none to group D. Antibiotic susceptibility testing revealed that all strains were resistant to at least one antibiotic, while 84.2% of all cases were multi-drug resistant. Production of colicin was demonstrated in two strains.

Keywords

Escherichia coli, fylogenetické skupiny, PCR, antibiotická rezistence, kolici-ny

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 5. 2012

Accessible from:: 2. 5. 2012

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Magda Doležalová, Ph.D.

Tomas Bata University in Zlín

Faculty of Technology

Master programme / field:
Chemistry and Food Technologies / Technology, Hygiene and Economics of Food Production