Automatic updates for the protein similarity search application

Bc. Jakub Oršula

Master's thesis

Anotácia:

Bolo vyvinuté jedinečné prototypové riešenie na rýchle vyhľadávanie podobných proteínov vo veľkom proteínovom datasete. Tento prototyp sa ukázal ako užitočný, ale má významné nedostatky, ako napríklad chýbajúce devops, žiadne aktualizácie datasetu alebo roztrieštenú codebase. Cieľom tejto diplomovej práce je zlepšiť tieto aspekty a položiť základy pre produkčné riešenie, ktoré bude mozné ľahko udržiavať a rozširovať v nasledujúcich rokoch.

Abstract:

A unique prototype solution to quickly search large protein dataset for similar proteins was developed. This prototype has proven itself useful, but has significant shortcomings like lack of devops, no dataset updates or fractured codebase. This thesis aims to improve these aspects and lay groundwork for a production solution, ready to be maintained and extended for years to come.

Keywords

similarity search, software engineering, bioinformatics, bigdata, proteins, automatic updates

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 12. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 2. 2024
• Vedúci: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Software Engineering / Design and development of software systems