Bc. David Myška

Master's thesis

GPU acceleration of the biological macromolecules continuous heterogeneity analysis

GPU acceleration of the biological macromolecules continuous heterogeneity analysis
Abstract:
Cílem této práce bylo akcelerovat algoritmus počítající vzdálenost mezi voxelovými poli, který je součástí nového, plně automatizovaného protokolu pro analýzu pohybu makromolekul. Akcelerovaná verze algoritmu využívá grafický procesor (GPU) pro zrychlení výpočtů. Takto zrychlený algoritmus dosahuje až 19.48krát lepšího výkonu, než paralelní CPU implementace využívající 24-jádrový procesor. Akcelerovaný …more
Abstract:
The main goal of this thesis was to accelerate an algorithm computing a distance of a volume pair which is a part of a novel, fully automatic protocol analyzing continuous heterogeneity of macromolecules. The accelerated version of the algorithm utilizes a graphics processing unit (GPU) to speed up the computation. Compared to a parallel CPU implementation running on a 24-core CPU, the GPU-accelerated …more
 

Keywords

CUDA GPU acceleration Xmipp KTT 3D Zernike polynomials Continuous heterogeneity
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 18. 5. 2021
Identifier: https://is.muni.cz/th/txjma/

Thesis defence

  • Date of defence: 25. 6. 2021
  • Supervisor: RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D.
  • Reader: RNDr. David Střelák

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / field:
Computer systems, communication and security / Software systems

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.