Regulace dynamiky SMC5/6 komplexu

Bc. Ivana Vasarábová

Diplomová práce

Regulation of SMC5/6 complex dynamics

Anotace:

SMC5/6 komplex je vysoce konzervovaný proteinový komplex, který patří do rodiny SMC proteinovych komplexů. SMC komplexy jsou klíčové faktory při udržování stability chromatinu. SMC5/6 komplex je zapojen do mnoha buněčných procesů, jako je stabilizace zastavených replikačních vidlic a opravy poškození DNA. Komplex má nejspíše kruhovou strukturu, která topologicky váže DNA, nicméně mechanismus zavedení a uvolnění SMC5/6 komplexu z DNA vlákna zatím není znám. Nse1 a Nse3, označované jako kite proteiny, interagují s kleisinovou podjednotkou Nse4. Interakce mezi Nse1-Nse4 a Nse3-Nse4 by mohly hrát důležitou roli při regulaci dynamiky SMC5/6 komplexu. Z toho důvodu jsme se rozhodli tyto interakce zkoumat. V této práci jsou analyzována interakční rozhraní Nse1-Nse4 a Nse3-Nse4. Podařilo se nám identifikovat několik aminokyselin proteinu NSMCE4b specifických pro interakci s NSMCE3.

Abstract:

SMC5/6 complex is a highly conserved protein complex that belongs to the protein family of the SMC complexes, which are the key factors of the chromatin structural maintenance. The SMC5/6 complex is involved in many actions such as stabilization of stalled replication forks and DNA damage repair. Presumably, the complex has a „ring-like“ structure by which topologically entraps DNA, however, the mechanism of loading and unloading from DNA is still unclear. Nse1 and Nse3, designated as kite proteins, interact with a kleisin subunit Nse4. Interactions between Nse1-Nse4 and Nse3-Nse4 could play an important role in the regulation of SMC5/6 complex dynamics. In this thesis, the interaction interfaces of Nse1-Nse4 and Nse3-Nse4 are analysed. We have identified several aminoacids of NSMCE4b protein specific for the interaction with NSMCE3.

Keywords

SMC5/6 komplex, Smc, Nse, NSMCE1, NSMCE3, NSMCE4b, EID3, Y2H, kvasinkový dvojhybridní systém, cílená mutageneze, protein-proteinové interakce

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2017
• Vedoucí: doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.
• Oponent: Mgr. Kateřina Zábrady, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Genomika a proteomika