Charakterizace proteinů Paracoccus denitrificans s předpokládanou funkcí monooxygenasy

Bc. Martin Olbert

Master's thesis

Characterization of the Paracoccus denitrificans proteins with putative function as a monooxygenase

Abstract:

Monooxygenases make inseparable part of metabolic processes in bacteria. These enzymes incorporate oxygen atoms into various substrates, which transforming this way into other products. Paracoccus denitrificans uses methanesulfonate as one of sulfur sources, which is split by monooxygenases to sulfite and formaldehyde. The aim of this diploma thesis was purification and characterization of 4 protein products of genes Pden_4106, Pden_5007, Pden_5013 and Pden_5125, which should have a monooxygenase activity. The proteins were purified by FPLC with hexahistidine tag. Also, the possible interaction partners of these proteins with the cytosol form P. denitrificans were determined by the PullDown method. The enzyme activity was also tested with different substrates and finally the oligomeric structure of the proteins and it´s shape was measured by the SAXS method.

Abstract:

Monooxygenasy tvoří neoddělitelnou součást metabolických procesů v bakteriích. Tyto enzymy inkorporují atomy kyslíku do různých substrátů, které takto přeměňují na další produkty. Ty jsou dále využívány bakterií v širokém spektru následných reakcí. Paracoccus denitrificans může využívat jako jeden ze zdrojů síry methansulfonát, který je štěpen monooxygenasami na siřičitan a formaldehyd. Cílem této diplomové práce byla purifikace a charakterizace 4 proteinových produktů genů Pden_4106, Pden_5007, Pden_5013 a Pden_5125, u kterých je předpoklad, že mají monooxygenasovou aktivitu. Proteiny byly purifikovány pomocí FPLC přes hexahistidinovou kotvu. Taktéž byly stanoveny možní interakční partneři těchto proteinů s cytosolem P. denitrificans metodou PullDown. Byla též testována enzymová aktivita s různými substráty a nakonec oligomerní struktura a tvar proteinů metodou SAXS.

Keywords

monooxygenasy, Pden_4106, Pden_5007, Pden_5013, Pden_5125, methansulfonát, Monooxygenázy, metánsulfonát, Monooxygenases, methansulfonate

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 5. 2018

Thesis defence

• Date of defence: 5. 6. 2018
• Supervisor: prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc.
• Reader: doc. RNDr. Petr Zbořil, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Analytical Biochemistry