Cherry Virus A

Michaela MARTINUSÍKOVÁ

Bachelor's thesis

Abstract:

Cherry virus A (CVA) náleží do rodu Capillovirus a čeledi Flexiviridae. Poprvé byl popsán v roce 1995 dr. Jelkmannem na višni (Prunus cerasus L.) v Německu. Přirozeně infikuje nejčastěji třešně (Prunus avium L.), višně, ale byl zjištěn i u dalších peckovin, kterými jsou švestky (Prunus domestica L.), mirabelky (Prunus domestica var. insititia L.), broskvoně (Prunus persica L.), nebo meruňky (Prunus mume L.). Cherry virus A je široce rozšířen v Evropě, Severní Americe a Asii. Prozatím nebylo prokázáno, že by na rostlinách vyvolával viditelné příznaky infekce, ale ve směsné infekci s dalšími viry může zesilovat závažnost symptomů a tím i ovlivnit kvalitu produkce ovoce. Tento virus se přenáší pouze roubováním. Cherry virus A je (+)ssRNA neobalený, vláknitý virus s délkou virionu 640 ? 700 nm. Genom je organizován do dvou překrývajících se čtecích rámců (ORFs). ORF1 kóduje RdRp polymerázu a plášťový protein. ORF2 kóduje movement protein. Pro detekci CVA se používají molekulární metody založené na RT-PCR nebo dot-blot hybridizaci. V experimentální část byla v souboru vzorků višní a třešní českého původu detekována přítomnost Cherry virus A (CVA) a Little cherry virus-1 (LChV-1). Pomocí RT-PCR za použití ,reverze? primeru pro tvorbu cDNA a kombinaci primerů CVA-fw1 / CVA-rev1 pro PCR amplifikaci, byla prokázána přítomnost CVA v 30,77 % vzorků. Pro detekci LchV1 byla použita také metoda RT-PCR, za použití LCV3EC primeru pro syntézu cDNA a kombinace primerů LCV1U16390 / LCV1L16809 pro PCR amplifikaci. Přítomnost LChV-1 ve vzorcích nebyla prokázána.

Abstract:

Cherry virus A (CVA) belongs to the genus Capillovirus and family Flexiviridae. It was first described in 1995 dr. Jelkmannem on sour cherries (Prunus cerasus L.) in Germany. Naturally, most often infects cherry (Prunus avium L.), sour cherries, but was found also in other stone fruit, which are plum (Prunus domestica L.), mirabelle plum (Prunus domestica var. insititia L.), peach (Prunus persica L.) and apricot (Prunus mume L.). Cherry virus A is widespread in Europe, North America and Asia. So far no evidence that the plants induced visible symptoms of infection, but in mixed infection with other viruses may increase the severity of symptoms and thus affect the quality of fruit production. The virus is transmitted only by grafting. Cherry virus A is (+) ssRNA uncoated, fibrous virus with virion width from 12 nm. The genome is organized into two overlapping open reading frames (ORFS). ORF1 encodes RdRp polymerase and coat protein. ORF2 encodes a movement protein. For the detection of CVA are used molecular methods based on RT-PCR or dot-blot hybridization. In the experimental part was in the sample cherries detected the presence of Czech origin, Cherry virus A (CVA) and Little cherry virus-1 (LChV-1). Using RT-PCR, using reverse 'primer to create cDNA and primer combination fw1-CVA / CVA-rev1 PCR amplification was demonstrated by the presence of CVA in 30.77% of samples. For LchV1 detection method was also used RT-PCR, using primers for the synthesis LCV3EC cDNA and primer combinations LCV1U16390 / LCV1L16809 for PCR amplification. The presence LChV-1 in the samples was not demonstrated.

Keywords

Cherry virus A (CVA), Little cherry virus-1, Capillovirus, Flexiviridae, +ssRNA virus, vláknitý virus, onemocnění třešní a višní, RT-PCR.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 8. 2011

Accessible from:: 2. 8. 2011

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology