Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u nesyta indomalajského (Mycteria leucocephala)

Alexandra PECHOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in painted stork (Mycteria leucocephala).

Abstract:

V tejto bakalárskej práci som sa venovala hľadaniu nových polymorfných mikrosatelitových márkerov pre myktériu lysohlavú (Mycteria leucocephala) za využitia metódy cross-species PCR amplifikácie. V teoretickej časti som sa zaoberala podrobným opisom radu brodivcov (Ciconiiformes) a jeho piatim čeľadiam. Podrobnejšie som sa venovala opisu čeľadi bocianovitých kam patrí aj myktéria lysohlavá. Ako ďalšiemu som sa venovala teoretickému spracovaniu repetitívnej DNA z doposiaľ známych literárnych zdrojov. Väčšiu pozornosť som venovala opisu mikrosatelitov, ich deleniu, využitiu, mutáciam, navrhovaniu de novo a cross-species PCR amplifikácii. V poslednej časti som sa venovala popisu doposiaľ nájdeným polymorfným mikrosatelitovým lokusom u radu tučniakov, brodivcov, potápiek, konzervovaným vtáčím mikrosatelitom, EST mikrosatelitom a metódam ich vyhľadávania. V experimentálnej časti tejto bakalárskej práce som sa zaoberala vyhľadávaním polymorfných mikrosatelitových lokusov s využitím metódy cross-species PCR amplifikácie na genomickej DNA vyizolovanej zo 6 jedincov myktérie lysohlavej. Za týmto účelom som použila všetky doposiaľ známe mikrosatelity navrhnuté pre rad tučniaky, niekoľko mikrosatelitov z radu brodivce a potápky, EST mikrosatelity a konzervované vtáčie mikrosatelity. Experimentálnymi metódami som zistila u myktérie lysohlavej 17 nezávyslých polymorfných mikrosatelitov z testovaných 169 párov primerov. Z toho bolo 5 mikrosatelitov odvodených z radu tučniaky, 4 mikrosatelity odvodene z radu brodivce a 1 mikrosatelit odvodený od radu potápky. Z konzervovaných vtáčích mikrosatelitov vykazovali polymorfizmus 3 mikrosatelity a 1 mikrosatelit z EST sekvencií. Počet alel sa pohyboval od 2 do 5.

Abstract:

I dedicated this thesis to a search of new polymorphic microsatellite markers for painted stork (Mycteria leucocephala), using the method of cross-species PCR amplification. In the theoretical part I dealt with a detailed description of a Ciconiiformes and its five families. More detailed, I described the stork family that includes also painted stork. Furthermore, I dealt with theoretical elaboration of repetitive DNA using literary sources known so far. I paid more attention to the description of microsatellites, their division, utilization, mutations and proposition of de novo and cross-species PCR amplification. In the last part, I described polymorphic microsatellite loci founded so far within the order of Sphenisciformes, Ciconiiformes, Podicipediformes, conserved avian microsatellites, EST microsatellites and their search methods. In the experimental part of the thesis, I dealt with a search of polymorphic microsatellite loci, using the method of cross-species PCR amplification on isolated genomic DNA from 6 painted storks. For this purpose I used all know microsatellites proposed for the order of Sphenisciformes, few microsatellites from the order of Ciconiiformes and Podicipediformes, EST microsatellites and conserved avian microsatellites. Using the experimental methods I found 17 independent polymorphic microsatellite loci out of the original 169 pairs of primers for painted stork. Five microsatellites were derived from the order of Sphenisciformes, 4 from the order of Ciconiiformes and 1 from the order of Podicipediformes. Three conserved avian microsatellites showed polymorphism and one was with EST sequence. The number of alleles varied from 2 to 5.

Keywords

cross-species PCR amplifikácia, Mycteria leucocephala, mikrosatelitový lokus, polymorfizmus

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 7. 2014

Accessible from:: 25. 7. 2014

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Biologie - Geologie a ochrana životního prostředí