Genetická variabilita sbírky genových zdrojů Lactuca serriola detekovaná pomocí SSR markerů.

Bc. Lenka KRŮZOVÁ

Bakalářská práce

Genetic variability of Lactuca serriola germplasm collection revealed by using SSR markers.

Anotace:

Locika kompasová (Lactuca serriola) je diploidní jednoletá bylina s autogamickým typem rozmnožování. Patří do rodu Lactuca, čeledi Asteraceae a řádu Asterales. Z hlediska ekologického je považována za typického r-stratéga. Roste na sušších hlinitých půdách na slunných nebo mírně zastíněných místech, důležité jsou živinami bohaté substráty s dostatkem vápníku a dusíku. Vyskytuje se téměř po celé Evropě, dále v severní Africe, Severní Americe, střední Asii, Austrálii, Argentině, Tasmánii, na Blízkém východě a Novém Zélandu. L. serriola je považována za významného progenitora ke komerčnímu šlechtění L. sativa, protože křížení L. serriola a L. sativa probíhá relativně snadno a výsledkem je plně fertilní potomstvo. L. serriola tedy tvoří tzv. primární genový pool L. sativa. Tato bakalářská práce se zaměřuje na výběr 5 polymorfních mikrosatelitových markerů vhodných pro studium genetické variability 88 testovaných položek L. serriola z pracovní kolekce rodu Lactuca L. uchovávané na Katedře botaniky PřF UP. Byly využity tyto základní laboratorní techniky: izolace DNA, polymerázová řetězová reakce (PCR) a agarózová a polyakrylamidová elektroforéza. Celkem bylo testováno 16 mikrosatelitových markerů, z nichž bylo vybráno pět polymorfních markerů, u kterých se počet alel pohyboval od 2 do 7, průměrný počet alel byl 4. Pro tyto markery byly optimalizovány podmínky PCR reakce a doba separace. Použitím tohoto souboru polymorfních markerů na celý testovaný soubor 88 položek L. serriola byla zjištěna velmi nízká hodnota průměrné pozorované heterozygotnosti (HO = 0,016). Zjištěná hodnota odpovídá údajům publikovaným v literatuře a odpovídá autogamní povaze studovaného druhu. Informace získané v této bakalářské práci budou použity při výzkumu genetické variability, biodiverzity, ekologii a dynamice přírodních populací genetických zdrojů rodu Lactuca, který v současné době probíhá na Katedře botaniky PřF UP v Olomouci.

Abstract:

Prickly Lettuce (Lactuca serriola) is a diploid one-year herb with autogamic type of reproduction. It belongs to the genus Lactuca, Asteraceae and order Asterales. From the ecological point of view is considered a typical r-strategist. It grows on drier clayey soils in sunny or slightly shaded places and important are nutrient-rich substrates with plenty of calcium and nitrogen. It occurs across most of Europe, then in North Africa, North America, Central Asia, Australia, Argentina, Tasmania, the Middle East and New Zealand. L. serriola is considered important for commercial breeding progenitor L. sativa, L. serriola as crosses and L. sativa is relatively easy and the result is a fully fertile offspring. L. serriola therefore constitute a primary gene pool of L. sativa. This bachelor work focuses on the selection five polymorphic microsatellite markers suitable for studying the genetic variability of 88 test items by L. serriola held at the Department of Botany, Faculty of Science. They were used the following basic lab techniques: DNA isolation, polymerase chain reaction (PCR) and agarose and polyacrylamide electrophoresis. It was tested 16 microsatellite markers, of which five were selected polymorphic markers for which the number varied from 2 to 7, the average number of alleles was 4. For these markers were optimized conditions of PCR reaction and the time of separation. Using this set of polymorphic markers on the entire set of items by L. serriola found a very low value of the average observed heterozygosity (HO = 0,016) and expected heterozygosity (HE = 0,462). These values corresponds to the data published in the literature and corresponds autogamous nature of the studied species. Information obtained in this work will be used for research of the genetic variability, biodiversity, ecology and dynamics of natural populations genetic resources of Lactuca, which is currently running at the Department of Botany, Palacky University in Olomouc.

Klíčová slova

Lactuca serriola L., EST-SSR, mikrosatelity, polyakrylamidová elektrofor

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 6. 5. 2011

Zveřejnit od: 6. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 2. 6. 2011
• Vedoucí: RNDr. Miloslav Kitner, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie