Nové metody sekvenace bakteriálních genomů

Mgr. Helena Pětrošová, Ph.D.

Bachelor's thesis

Bacterial whole-genome sequencing: comparison of several new methods

Anotácia:

Sekvenace DNA je proces vedoucí ke stanovení pořadí nukleotidů v řetězci DNA a je jednou z hlavních metod molekulární biologie. Tato práce se zabývá „metodami nové generace“, které se začínají objevovat jako levnější a časově méně náročné alternativy klasické Sangerovy metody. Jde především o metody pyrosekvenace (454), SOLiD, Solexa a CGS. Součástí práce je vlastní srovnání přesnosti metod pyrosekvenace, Solexa a CGS na výsledcích sekvenace genomu Treponema paraluiscuniculi kmene Cuniculi A.

Abstract:

DNA sequencing is a process that determinate the order of nucleotide bases in the DNA strand and it is one of the principle methods in molecular biology. This work describes new cheaper and faster sequencing methods of new generation opposed to classic Sanger sequencing. The following methods are described in greater detail: pyrosequencing (454 method), Solexa, SOLiD and CGS. Outputs from sequencing of Treponema paraluiscuniculi Cuniculi A genome by pyrosequencing, Solexa and CGS are compared and analyzed. Results of this comparison are discussed.

Kľúčové slová

sekvenace DNA, pyrosekvenace, metoda 454, Solexa, SOLiD, CGS, DNA sequencing, pyrosequencinq, 454 method

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 19. 6. 2009
• Vedúci: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biology / Molecular Biology and Genetics