Včlenění skupin neznámých předků do předpovědi plemenných hodnot

Bc. Jana Grešová

Master's thesis

Incorporating groups of unknown ancestors into the predictions breeding values

Abstract:

V rámci této práce byly prostudovány postupy, které by mohly vést k lepším odhadům plemenných hodnot. Předpokladem bylo, že způsob sestavení genetických skupin může značně ovlivňovat výsledné odhady plamenných hodnot. Genetické skupiny jsou vytvořené skupiny zvířat, které seskupují koncová zvířata v rodokmenu, jejichž rodiče jsou neznámí. K těmto neúplným rodokmenům může docházet díky chybějícím údajům, importu zvířat či využití zahraničního plemenného materiálu, ke kterému nejsou v České republice dostatečné podklady. Cílem této práce bylo odhadnout plemenné hodnoty s využitím různých možností sestavení genetických skupin a porovnání těchto nových odhadů s odhady bez genetických skupin. K dispozici byly údaje celkem od 8459584 jedinců, které sloužily jako podklady pro stanovení skupin neznámých rodičů. Metody začlenění genetických skupiny byly zkoumány na souboru odregresovaných plemenných pro dlouhověkost s celkem 6061 záznamy užitkovostí. Byly zkoumány dva modely možného sestavení genetických skupin neznámých rodičů. Tyto skupiny sestaveny podle tří kritérií. Prvním kritériem bylo plemeno posledního známého jedince, dále jeho pohlaví, a nakonec rok narození. Na základě těchto údajů bylo sestaveno různé množství genetických skupin. Pro první model to bylo celkem šest skupin o velkém počtu jedinců v každé této skupině. Pro druhý model bylo sestaveno celkem 104 genetických skupin. Genetické skupiny ve druhém modelu se výrazně lišily počtem jedinců v nich zahrnutých. Sestavené genetické skupiny byly následně zahrnuty do rodokmenů a použity k výpočtům odhadů plemenných hodnot. Plemenné hodnoty byly odhadnuty metodou BLUP AM pomocí programu blupf90. Jako kontrolní model byl použit model s rodokmenem bez genetických skupin. Pro porovnání výsledných odhadů plemenných hodnot byla použita metoda korelace. Výsledné korelační koeficienty se lišily v závislosti na tom, zdali byly porovnávány celkové soubory se všemi odhady plemenných hodnot či pouze odhady pro jedince se známou užitkovostí. Dále byla testována vhodnost použitých modelů Akaikovým kritériem. Jako nejvhodnější model byl dle tohoto kritéria stanoven model dvě, který obsahoval celkem 104 skupin a byl sestaven na základě plemenné příslušnosti, pohlaví a roku narození posledního známého předka.

Abstract:

In the framework of this work, there have been studied model which could lead to better estimates of breeding values. The assumption was that the method of assembling genetic groups could greatly influence the resulting estimates of breeding values. Genetic groups are created from animals whithe pedigree and whose parents are unknown. These incomplete pedigrees may be due to missing data, import of animals or use of foreign breeding material, for which there are insufficient documents in the Czech Republic.The aim of this work was to estimate breeding values using various possibilities of assembling genetic groups and comparing these new estimates with estimates without genetic groups. Data were available from 8459584 individuals, which served as a basis for identifying groups of unknown parents. Methods of incorporating genetic groups have been investigated on a set of deregressed breeding values for longevity with a total of 6061 estimates. Two models of creating genetic groups of unknown parents were investigated. These groups are based on three criteria. The first criterion was the breed of the last known individual, then his sex and finally the year of birth. Based on these data, a variety of genetic groups were assembled. For the first model, there were a total of six groups of a large number of individuals in each group. A total of 104 genetic groups were compiled for the second model. Genetic groups in the second model differed significantly in the number of individuals included. The assembled genetic groups were subsequently included in the pedigrees and used for calculation of the estimates of breeding value s. Breeding values were estimated by BLUP AM using blupf90. As a control model, a pedigree model without genetic groups was used.The correlation method was used to compare estimated breeding values. The resulting correlation coefficients differed depending on whether the total sets which were compared included all animals or only individuals with known performance. Furthermore, the suitability of the models used by the Akaik criteria was tested. The most suitable model according to this criterion was the model two, which contained a total of 104 groups and was based on breeding, gender and birth year of the last known ancestor.

Keywords

plemenná hodnota, genetické skupiny, skupiny neznámých rodičů, fantom rodiče, genomické hodnocení, metafouders

Keywords

genetics groups, unknown parent groups, breeding value, fantom parents, genomic evaluation, metafouders

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 4. 2019

Thesis defence

• Supervisor: doc. Ing. Luboš Vostrý, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources

Master programme / field:
Biotechnology / Biotechnology and Animal Breeding