Role SMC5/6 komplexu v opravách poškození DNA u Arabidopsis thaliana

Bc. David ŠIMEK

Bachelor's thesis

Arabidopsis thaliana SMC5/6 complex function in DNA damage repair

Abstract:

SMC5/6 proteinový komplex je klíčovým faktorem udržování integrity genomu a účastní se mimo jiné i oprav dvouvláknových zlomů DNA pomocí homologní rekombinace. Zapojení jednotlivých podjednotek SMC5/6 proteinového komplexu v drahách oprav poškození DNA bylo donedávna ne zcela jasné. Tato práce se zaměřuje na podjednotky SMC6B a NSE4A, které jsou součástí tohoto komplexu. Cílem práce bylo popsat genetickou interakci mezi funkcí SMC5/6 komplexu a další drahou zapojenou v opravách dvouvláknových zlomů, kterou je spojování nehomologních konců. Konkrétně byly předmětem našeho zájmu proteiny KU70 a LIG4. Za účelem prohloubení znalostí v této oblasti byli selektováni dvojití mutanti A. thaliana mezi podjednotkami SMC5/6 komplexu a již zmíněnými proteiny opravné dráhy spojování nehomologních konců. Dále byly hodnoceny fenotypy selektovaných dvojitých mutantů na kultivačním médiu bez genotoxických chemikálií a dvěma různými metodickými přístupy testována jejich senzitivita vůči vybraným genotoxickým chemikáliím na tuhém i v tekutém kultivačním médiu.

Abstract:

SMC5/6 protein complex is a key factor of maintaining genome stability. One of the important functions is repair of DNA double-strand breaks via homologous recombination. The role of SMC5/6 complex subunits in specific DNA damage repair pathways is not fully understood. This thesis is focused on SMC6B and NSE4A subunits of the SMC5/6 complex. Here, we focused on genetic interaction with the components of non-homologous end joining pathway that represents another double strand break repair pathway. Specifically, we focused on KU70 and LIG4 proteins. Firstly, we selected the double mutants lines in the SMC5/6 complex subunits and the KU70 and LIG4. Next, we analyzed growth phenotypes of the double mutants under ambient conditions. Lastly, we tested sensitivity to specific DNA-damaging agents and compared two cultivation techniques using both solid and liquid growth media.

Keywords

SMC5/6 komplex, Arabidopsis thaliana, KU70, LIG4, oprava poškození DNA

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 7. 2021

Thesis defence

• Date of defence: 30. 8. 2021
• Supervisor: Mgr. Eva Dvořák Tomaštíková, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology