Frontend pro databázi parciálních atomových nábojů

Bc. Dominik Toušek

Bachelor's thesis

Frontend for partial atomic charges database

Anotácia:

Parciální atomové náboje představují důležitý koncept výpočetní chemie. Jsou významným ukazatelem napomáhajícím predikci chemických vlastností molekul. Mezi oblasti jejich využití patří fyzikální chemie, organická chemie a bioinformatika. Hodnoty parciálních nábojů nejsou experimentálně měřitelné, lze je však získat výpočtem. Pro výpočet existuje více přístupů a metod produkujících různé typy nábojů. Značná část těchto metod je časově náročná. Opakované počítání nábojů s jejich využitím tak není efektivní a je vhodné jejich výsledky uchovávat a zpřístupňovat pro pozdější použití. Cílem této práce bylo navrhnout a implementovat webové rozhraní a veřejné API pro vznikající databázi parciálních atomových nábojů (ChargeDB).

Abstract:

Partial atomic charges represent an important concept in computational chemistry. They are an important indicator, which helps with predicting chemical properties of molecules. Among the areas of their use belongs physical chemistry, organic chemistry and bioinformatics. Values of partial charges can’t be measured experimentally. However they can be obtained by calculation. For the calculations there are multiple approaches and methods producing various types of charges. A significant part of these methods is time consuming. Repeated calculations of charges with their use are not effective and it is appropriate to store results of such calculations and made them available for later use. The aim of this work was to design and implement a web interface and public API for the emerging database of partial atomic charges (ChargeDB).

Kľúčové slová

parciální atomové náboje, ChargeDB, databáze parciálních nábojů, webový frontend, bioinformatika, výpočetní chemie, partial atomic charges, database of partial charges, web front-end, bioinformatics, computational chemistry

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 1. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 2. 2017
• Vedúci: RNDr. Tomáš Raček
• Oponent: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Informatics / Computer Systems and Data Processing