Analýza trajektorií molekulárně dynamických simulací – Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D.
Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D.
Bachelor's thesis
Analýza trajektorií molekulárně dynamických simulací
Analysis of molecular dynamics simulation trajectories
Abstract:
Předkládaná práce se zaměřuje na analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací. Byl navrženy a vytvořeny 4 programy, které jsou schopny paralelně provádět analýzu těchto trajektorií paralelně. S využitím těchto programů byla proveden výpočet volné vazebné energie metodou MM/PBSA ligandu deoxylaktózy do receptoru LgtC galaktosyltransferázy s UDP-galaktózou z jejich trajektorie dlouhé 10ns. Následně …moreAbstract:
Presented project is focused on molecular dynamics trajectory analysis. First part of project contains design and implementation of 4 computer programs, that are able to proccess parallel analysis of these trajectories. Second, using these programs calculation of binding energy of ligand deoxylactose into receptor LgtC galactosyltransferase with UDP-galactose from trajectory 10ns long has been done …more
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 31. 5. 2007
Identifier:
https://is.muni.cz/th/ou11k/
Thesis defence
- Date of defence: 20. 6. 2007
- Supervisor: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Citation record
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceBachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry
Theses on a related topic
-
Paralelizace analýzy molekulárně dynamických simulací
Jakub Štěpán -
Exploring Protein-Carbohydrate Interactions Using Tools of Molecular Modeling
Sushil Kumar Mishra -
Structural Dynamics of the Catalytic RNA: Computational Study of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme
Maryna Krasovska -
Paralelizace analýzy molekulárně dynamických simulací
Jakub Štěpán