Molekulární fylogeneze a genetická diverzita nejbližších příbuzných rodu Pisum

Veronika Sedláková

Bakalářská práce

Molecular Phylogeny and Genetic Diversity of the Genus Pisum Closest Relatives

Anotace:

Tématem této práce bylo studium genetické diverzity a fylogeneze vybraného planého druhu Lathyrus neurolobus Boiss. & Heldr., který je příbuzný kulturnímu hrachu setému, pomocí moderních metod molekulární fylogenetiky. Z genotypů L. neurolobus získaných z Katedry botaniky PřF UP v Olomouci byla izolovaná genomická DNA a vzorky byly podrobeny analýze pomocí SSR a iPBS markerů. Bylo zjištěno, že pro posouzení genetické diverzity je vhodná metoda iPBS markerů, kde je průměrná hodnota polymorfního informačního obsahu velmi vysoká (PIC=0,928). Podle vyhodnoceného polymorfismu markerů a vytvořených dendrogramů bylo zjištěno, že pro hledání souvislostí mezi místem původu a umístěním v dendrogramu, bude vhodná metoda SSR markerů, ale jen v případě výběru informativních markerů. Také byla potvrzena přenosnost SSR markerů navržených pro hrách do planého druhu z jiného rodu.

Abstract:

The topic of this work was studied genetic diversity and phylogeny of selected wild species Lathyrus neurolobus Boiss. & Heldr., which is closely related to cultivated pea, using modern methods of molecular phylogenetics. Genotypes of L. neurolobus were obtained from Department of Botany at Palacký University in Olomouc, genomic DNA was isolated of these genotypes and samples were subjected to analysis using SSR and iPBS markers. It was found that for assessment of genetic diversity is suitable method of iPBS markers, where the average value of polymorphic information content is very high (PIC=0,928). According to evaluated markers polymorphism and assembled dendrograms was found that for search of relationship between place of origin and placement in dendrogram, will be appropriate the method of SSR markers, but only in case of selection informative markers. There was also confirmed transferability of SSR markers designed for pea to wild species of another genus.

Klíčová slova

SSR, iPBS, fylogenetika, Fabeae, Lathyrus neurolobus

Keywords

phylogenetics, Fabeae, SSR, iPBS, Lathyrus neurolobus

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 4. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. Ing. Tomáš Vyhnánek, Ph.D.
• Oponent: Miroslav Baránek, Ph.D.

Mendelova univerzita v Brně

Agronomická fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Agrobiologie / Molekulární biologie a biotechnologie