Selection and Screening of Rice Knock-out Lines with Altered Cytokinin Metabolism

Olga RYPAROVÁ

Bakalářská práce

Selection and screening of knock-out lines of rice with altered cytokinin metabolism

Abstract:

Pro studium vlivu cytokininů na rostlinu byla vybrána rýže (Oryza sativa), která patří mezi organismy s přečteným genomem a jsou dostupné její různé mutantní linie s T-DNA inzercí. V teoretické části jsem se zaměřila na různé způsoby přípravy ?loss of function? linií rostlin - inzerce T-DNA, RNAi, zinc-finger nukleáz a TAL nukleáz. Praktická část práce byla zaměřena na screening linií rýže z generace T1 a T2, jejichž mutace byla předpokládána v oblasti genů cytokinin dehydrogenas (CKX3 a CKX11), cytochrom P450 72A1 (CYP450) a isopentenyltransferasy (IPT10). Screening byl proveden pomocí metody PCR a byly vyselektovány heterozygotní a homozygotní linie, ze kterých byla získána semena pro budoucí studium fenotypu.

Abstract:

Rice (Oryza sativa); whose genome was fully sequenced, annotated and its T-DNA insertion lines are available, was chosen to study the influence of knock-out of specific genes involved in cytokinin metabolism. In the theoretical part, I focused on methods for preparation of loss of function mutant lines ? T-DNA insertion, RNAi, zinc-finger nucleases and TAL nucleases. In the experimental part of bachelor thesis, I worked on generations T1 and T2 of rice insertion lines. Mutations were expected to occur in the gene regions of cytokinin dehydrogenases (CKX3 and CKX11), cytochrome p450 72A1 (CYP450) and isopentenyl transferase (IPT10). The screening of mutant lines was performed by PCR. Heterozygote and homozygote knock-out lines were selected and their seeds were collected for further studies.

Keywords

cytokininy, CYP450, IPT, CKX, ?loss-of-function?, rýže, PCR screening, knock-out linie

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 8. 2013

Zveřejnit od: 23. 8. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Doc. Mgr. Petr Galuszka, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie