Implementace a otestování modelu DNA pro simulace živých buněk

Bc. Michal Savčinský

Bakalářská práce

Implementation and testing of the DNA model for live cell simulations

Abstract:

The aim of this thesis is to implement FJC model and in this model implement well-known DNA behavior, examine model functioning in these modes and eventually design and examine corrections of this model to meet some of the physical and biological criteria, especially the length between histones in DNA chain. Thesis is made for already working simulator of living cells developed in CBIA laboratory.

Abstract:

Účelom tejto práce je implementovať FJC model a v ňom známe vzorce správania DNA, otestovať fungovanie modelu v týchto režimoch a prípadne navrhnúť a otestovať korekcie tohto modelu, tak aby boli splnené niektoré fyzikalno-biologické kritéria, najmä dodržanie dĺžky medzi histónmi na DNA vlákne. Práca je robená pre už hotový simulátor živých buniek vyvíjaný v laboratóriu CBIA.

Klíčová slova

simulovanie chromatínu, FJC model, bunkový cyklus, generovanie náhodných čisel, Brownov pohyb

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2016
• Vedoucí: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika