Vyšetření genetických abnormalit u pacientů s autismem pomocí metody array-CGH

Bc. Petra Macigová

Master's thesis

The analysis of genetic abnormalities in patients with autism using array-CGH method

Abstract:

Autismus je vzácná porucha dětského mentálního vývoje, jehož příčina zůstává i přes zlepšující se diagnostiku ve většině případů nejasná. Zavedení metody komparativní genomové hybridizace na mikročipu pro vyšetřování pacientů s autismem umožňuje odhalit potenciálně patologické změny týkající se zisku či ztráty genetického materiálu, které nebyly dříve používanými metodami detekovatelné, a tak přispět k objasnění příčiny vzniku autismu a napomoci identifikovat nové geny, jejichž delece a duplikace mohou být kauzální pro vznik autismu. To přispěje k dalšímu pochopení molekulárních procesů uplatňujících se při vzniku tohoto onemocnění. V rámci této diplomové práce bylo metodou komparativní genomové hybridizace na mikročipu vyšetřeno celkem 30 pacientů diagnostikovaných na Oddělení lékařské genetiky Fakultní nemocnice Brno. U 17 pacientů bylo vyšetření uzavřeno jako pozitivní, přičemž u 9 pacientů bylo při zhodnocení nálezu v kontextu údajů z cytogenetických databází rozhodnuto, že se jedná o nález vysvětlující vznik postižení pacienta, včetně zaznamenání již popsaného syndromu asociovaného s autismem. Na základě získaných výsledků byla u vybraných pacientů provedena detailní korelace genotypu a fenotypu a zjištěné údaje tak dále přispívají k současným poznatkům o příčinách vzniku autismu.

Abstract:

Autism is a rare disorder of child mental development of which even with the improving diagnosing the cause remains in most cases unclear. Introducing the array comparative genomic hybridization for examining autistic patients enables to discover potentially pathological changes concerning gain or loss of genetic material which were previously undetectable, thus contributing to clarify the causes of autism and helping to identify new genes , whose deletion and duplication may be causal in the origin of autism. This will assist in further understanding the molecular processes at work with the development of the disorder. A total of 30 patients, diagnosed at Department of Medical Genetics at University Hospital Brno, were examined in this thesis using the array comparative genomic hybridization. 17 patients were evaluated as positive, which contains 9 patients with findings which were determined to be causal in the origin of the disorder in context of cytogenetic databases, including already known syndrome associated with autism. Genotype phenotype correlation was performed based on the acquired results and the data further contribute contemporary findings about the causes of the development of autism.

Keywords

autismus, array-CGH, relativní kvantitativní PCR, delece, duplikace, ztráta heterozygotnosti, autism, relative quantitative PCR, deletion, duplication, loss of heterozygosity

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 28. 4. 2016

Thesis defence

• Date of defence: 6. 6. 2016
• Supervisor: Mgr. Hana Filková

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics