Výskyt oxacilináz u vybraných Gram-negatívnych baktérií

Bc. Andrea CHALACHANOVÁ

Master's thesis

Prevalence of oxacillinases in selected Gram-negative bacteria

Abstract:

Predkladaná diplomová práca sa zaoberá štúdiom oxacilináz (OXA) u vybraných druhov Gram-negatívnych baktérií, a to Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae a Acinetobacter baumannii. Teoretická časť práce je venovaná základnej charakteristike patogénov s dôrazom na čeľaď Enterobacteriaceae, definícii a klasifikácii beta-laktámových antibiotík, typom bakteriálnych obranných mechanizmov a charakteristike jednotlivých tried beta-laktamáz, predovšetkým beta-laktamáz triedy D. K skríningu oxacilináz u vybraných druhov baktérií bola použitá PCR amplifikácia s využitím špecifických párov oligonukleotidov navrhnutých pomocou bioinformatického softvéru Geneious. U klinických izolátov K. pneumoniae a E. cloacae bol potvrdený výskyt blaOXA-1-like génov. Klinický izolát A. baumannii bol pozitívny na enzýmy OXA-23-like, OXA-51-like, OXA-58-like, OXA-211-like a OXA-228-like. Výsledky štúdie potvrdili špecifickosť navrhnutých párov oligonukleotidov. Zistené bolo, že navrhnuté primery disponujú schopnosťou špecificky detegovať 90,3 % zo všetkých oxacilináz popísaných v BLDB databáze. In silico analýzou sekvencií reprezentatívnych oxacilináz bol potvrdený výskyt zachovaných aminokyselinových motívov.

Abstract:

The submitted diploma thesis deals with the study of oxacillinases (OXA) in selected species of Gram-negative bacteria, namely Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae and Acinetobacter baumannii. The theoretical part of thesis is devoted to basic characteristics of pathogens with an emphasis on Enterobacteriaceae family, definition and classification of beta-lactam antibiotics, types of bacterial defensive mechanisms and characteristics of individual classes of beta-lactamases, especially class D beta-lactamases. Screening of oxacillinases of selected bacterial species was performed by PCR amplification using specific pairs of oligonucleotides designed by bioinformatics software Geneious. Genes blaOXA-1-like have been found in clinical isolates of K. pneumoniae and E. cloacae. Clinical isolate of A. baumannii has been positive for OXA-23-like, OXA-51-like, OXA-58-like, OXA-211-like and OXA-228-like enzymes. The study results confirmed the specificity of the designed oligonucleotide pairs. It was found that the designed primers possess the ability to specifically detect 90.3 % of all oxacillinases described in the BLDB database. The presence of conserved amino acid motifs was confirmed by in silico analysis of sequences of representative members of oxacillinases.

Keywords

beta-laktámové antibiotiká, Gram-negatívne baktérie, PCR, oxacilinázy, primery, antimikrobiálna rezistencia

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 4. 2019

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Patrik Mlynárčik, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology