Detekce variability cpDNA u rostlin

Bc. Radmila Valová

Master's thesis

Detection of cpDNA variability in plants

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá detekcí variability dané oblasti chloroplastové DNA. Vybraná oblast chloroplastové DNA matK je porovnávána mezi dvěma rody Aloe a Ruschia jako zástupci dvou vývojových linií jednoděložných a vyšších dvouděložných rostlin. CpDNA je hojně využívána pro fylogenetické studie, díky vysoké variabilitě. Z rodu Aloe bylo pro analýzu využito 92 zástupců a z rodu Ruschia 106 zástupců. Oba tyto rody se převážně vyskytují v jižní Africe, hlavně v oblasti Kapska. První část práce byla zaměřena na charakteristiku vybraných rodů a popisu použitých metod při analýze. V analýze byla provedena izolace DNA zástupců obou rodů, PCR, purifikace a následné sekvenování. Získané sekvence byly vyhodnocovány pomocí dostupných softwarů a následně byly vytvořeny fylogenetické stromy vybraných zástupců obou rodů. Fylogenetické stromy byly vytvořeny pomocí metody Maximum likelihood. Zásadním výsledkem, bylo zjištění variability v rámci vybraných rodů a mezi nimi na základě konsenzuálních sekvencí.

Abstract:

This thesis deals with the detection of the variability of a given region of chloroplast DNA. A selected region of chloroplast DNA matK is compared between two genera Aloe and Ruschia as representatives of the two evolutionary lineages of monocots and higher dicots. CpDNA is widely used for phylogenetic studies due to high variability. Selected 92 representatives from the genus Aloe and 106 representatives from the genus Ruschia were used for analysis. Both genera are predominantly found in southern Africa, mainly in the Cape region. The first part of the thesis was focused on the characteristics of the selected genera and the description of the methods used in the analysis. The analysis involved isolation of DNA from representatives of both genera, PCR, purification and subsequent sequencing. The obtained sequences were evaluated using available software and subsequently phylogenetic trees of the selected representatives of both genera were constructed. The phylogenetic trees were created using the Maximum likelihood method. The main result was the detection of variability within and between the selected genera based on consensus sequences.

Keywords

variabilita, sekvenování DNA, matK, cpDNA, Aloe, Ruschia

Keywords

Aloe, sequencing of DNA, matK, cpDNA, variability, Ruschia

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 21. 4. 2023

Thesis defence

• Date of defence: 29. 5. 2023
• Supervisor: doc. Ing. Pavel Hanáček, Ph.D.
• Reader: Michaela Ludvíková, externi

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / specializace:
Molecular Biology and Biotechnology / Plant Molecular Biology and Biotechnology