Nástroje pro virtuální screening

Bc. Jiří Kratochvíla

Master's thesis

Tools for Virtual Screening

Abstract:

Současné objevy vedoucí k pochopení dějů probíhajících uvnitř buněk, přinášejí nové možnosti jakým způsobem cílit léčbu celé řady chorob. Při studiu biochemických pochodů se používají metody výpočetní chemie a počítačových věd. Jedním z takových přístupů je metoda molekulárního dockingu a virtuálního screeningu, které vytvářejí velké objemy dat. S jejich pomocí je možné nalézt potenciálně účinné látky, a urychlit tak vývoj nového typu léčiva. Jednou z klíčových částí těchto metod je příprava dat pro výpočet a interpretace vypočtených dat. Motivací této práce bylo vytvořit grafické uživatelské prostředí uumožňující snadnou přípravu výpočtů a vyhodnocení výsledků molekulárního dockingu a virtuálního screeningu. Toto prostředí rozšiřuje funkce molekulárního editoru Nemesis o významnou sadu operací, které umožňují rychlé nalezení důležitých chemických struktur vhodných pro další zpracovaní přesnějšími metodami výpočetní chemie.

Abstract:

Recent discoveries leading to understanding of processes inside cells brings new knowledge in treatments of various diseases. Study of biochemical processes are performed by means of computational chemistry and computer sciences. One of such approaches is molecular docking and virtual screening methods, which produced vast amount of data. They support finding of new leads for the next generation of effective drugs and thus speed up development of new drugs. A key part of these methods is to prepare data for calculation and to interpret the results. Motivation of this work was development of graphic user interface for easy preparation of calculations and interpretation of the outcomes of molecular docking and virtual screening. This contribution expands functionality of molecular editor Nemesis about new functions, which are beneficial for fast identification of leads suitable for further processing using more accurate computational chemistry methods.

Keywords

molekulární docking, virtuální screening, autodock vina, nemesis, cheminfo

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 5. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 22. 6. 2015
• Supervisor: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
• Reader: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics