Studium interakce KIX domény s jejími vazebnými partnery

Bc. Alena Hofrová

Master's thesis

Study of interaction between KIX domain with its binding partners

Abstract:

KIX doména je součástí transkripčního ko-aktivátoru CBP regulující expresi genů. KIX doména se podílí na aktivaci transkripce navázáním transkripčních faktorů na svá dvě vazebná místa, čímž umožňuje tvorbu transkripčního komplexu. Tato diplomová práce se zabývá studiem isotopicky značené KIX domény pomocí nukleární magnetické rezonance (NMR). Byly provedeny experimenty pro přiřazení NMR spectra proteinové páteře KIX domény. Vzhledem k obtížím s přiřazením proteinové páteře KIX domény, přiřazení bylo doplněno 2D 1H-15N spektry se selektivně odznačenými aminokyselinami KIX domény. Přestože proteinové přiřazení nebylo úplně, bylo možné jej efektivně využít pro sledování interakcí KIX domény s peptidy vazebných partnerů MLL, p53 a jejich mutanty pomocí sérií 2D 1H-15N NMR spekter. Isotermální titrační kalorimetrií (ITC) byla změřena vazebná afinita interakce KIX domény s vybranými peptidy MLL ligandu. Specifické mutace ve vazebných partnerech byly uzpůsobeny pro podrobnější studium a charakterizaci již definovaného devíti-aminokyselinového motivu transaktivačních domén – 9aa TAD motivu.

Abstract:

The KIX domain is part of transcriptional coactivator CBP, that regulates gene expression. The KIX domain participates on transcription activation by binding transcription factors to its two binding sites which enables transcription complex formation. This diploma thesis focuses on the study of isotopically labeled KIX domain using nuclear magnetic resonance (NMR). The assignment experiments were employed to assign the KIX domain backbone in NMR spectra. The assignment procedure was problematic, therefore 2D 1H-15N experiments with selectively unlabeled amino acids of KIX domain were employed. Despite incomplete backbone assignment of KIX domain, it could be effectively used to observe interaction of KIX domain and its binding partners peptides MLL, p53 and their mutants by series of 2D 1H-15N spectra. Isothermal titration calorimetry measured the binding affinity of KIX domain and selected MLL peptides. Specific mutations in MLL and p53 binding partners targeted further study and characterization of already consolidated nine amino acid transactivation motif – 9aa TAD motif.

Keywords

KIX doména, CBP, MLL, c-Myb, p53, 9aaTAD, NMR

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 17. 6. 2020

Thesis defence

• Date of defence: 8. 7. 2020
• Supervisor: RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D.
• Reader: Mgr. Jan Novotný, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Biomolecular Chemistry