Identifikace RNA elementů u hub

Barbora PÍCHALOVÁ

Bakalářská práce

Identification of RNA elements in fungi

Anotace:

V současné době se do popředí zájmu výzkumu dostávají interakce mezi houbami, mykoviry a životním prostředím. Říše Fungi zahrnuje ekologicky a ekonomicky významné druhy hub, které mohou působit jako patogeny či symbionti, nebo se mohou vyskytovat v půdě jako mykorhizní a endofytní houby. Navzdory jejich ekologickému, biomedicínskému a průmyslovému významu stále chybí fylogenetické studie celé řady hub a jejich virů. Pro pochopení základních vztahů mezi mykoviry a jejich houbovými hostiteli je zásadní studium biologických vlastností, distribuce a přenosu nejen samotných virů, ale také hub. Tato studie si klade za cíl identifikovat jednotlivé druhy hub a zjistit, zda se v nich nachází mykoviry. Pro výzkum diverzity byly využity vzorky hub sbíraných na území České republiky během roku 2020 a 2021. K jejich detekci a identifikaci byly zvoleny molekulárně genetické metody. DNA z hub byla izolována pomocí CTAB-PVP, úsek DNA byl amplifikován pomocí sekvence oblasti ITS, translačního elongačního faktoru TEF1-alfa genu a genu beta-tubulinu. Na základě sekvencí byl pro vzorky vytvořen fylogenetický strom podle genetické podobnosti mezi jednotlivými rody. Pro detekci mykovirů byla využita metoda izolace dsRNA pomocí fenol-chloroformu a celulózy a vzorky byly vyhodnoceny pomocí agarózové elektroforézy.

Abstract:

Nowadays, the focus of fungus, mycovirus and environmental interactions has expanded. The kingdom of Fungi includes ecologically and economically important species of fungi that are pathogenic or symbiotic or can occur in the soil as mycorrhizal and endophytic fungi. Despite their ecological significance, biomedical and industrial importance, phylogenomic studies of Fungi and their viruses are lacking. To understand the basic interactions between mycoviruses and their fungal hosts, the study of the biological properties, distribution and transmission is required. This study aims to identify different species of fungi and determine the interaction between fungus and virus. Samples collected in the Czech Republic during 2020 and 2021 were used for diversity research and molecular genetic methods were chosen for their detection and identification. DNA was isolated using CTAB-PVP, the DNA segment was amplified and phylogenetically analyzed using the sequences of internal transcribed spacers (ITS), the translation elongation factor (TEF) 1-alpha gene and the beta-tubulin gene. Based on the sequences, a phylogenetic tree was created for the samples according to the genetic similarity between the individual genera. The method of dsRNA isolation using phenol-chloroform and cellulose was used for the detection of mycoviruses.

Klíčová slova

Říše Fungi, mykoviry, dsRNA, fylogenetický strom

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 4. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Tomáš Tonka, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Fakulta zemědělská a technologická

Bakalářský studijní program / obor:
Zemědělství / Zemědělské biotechnologie - Rostlinné