N6-threonylkarbamoyladenosin v tRNA a jeho vliv na vývoj rostlin

Bc. Dominika Honusová

Master's thesis

N6-threonylcarbamoyladenosine in tRNA and its role in plant development

Anotácia:

Tato diplomová práce je zaměřena na modifikace nukleových kyselin v Arabidopsis thaliana, a to především na ty, které se nacházející na adenosinu v pozici 37 u tRNA. Teoretická část se zabývá shrnutím již prokázaných informací o této modifikaci. V experimentální části jsem charakterizovala rostlinné mutanty postižené v genech zodpovědných za tvorbu modifikace t6A pomocí RNAi. To zahrnovalo jejich odvozování a selekci, statistickou analýzu růstu jejich kořenů, relativní kvantifikací změn exprese genů pomocí qRT-PCR a optimalizaci LC/MS metody pro relativní kvantifikaci t6A v tRNA, včetně kalibrace přístroje.

Abstract:

This diploma thesis focuses on modification of nucleic acids in Arabidopsis thaliana, especially on those located on adenosine at position 37 of tRNA. The theoretical part deals with the summary of already published information about that modifications. The plant mutants affected in genes responsible for the formation of t6A modification by RNAi were characterized in experimental part. This included their transformation and selection, statistical analysis of their root growth, relative quantification of gene expression changes by qRT-PCR, and optimization of LC/MS method for relative quantification of (c)t6A in tRNA, including instrument calibration.

Keywords

ct6A, KEOPS komplex, N6-threonylkarbamoy-ladenosin, t6A, regulace translace, RNAi, RNA modifikace RNA silencing, Sua5, Tcd1/Tcd2, KEOPS complex, N6-threonylcarbamoyl-adenosine, regulation of translation, RNA modification, RNA silencing

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 11. 6. 2019
• Vedúci: Mgr. Kamil Růžička, Dr. rer. nat.
• Oponent: Katarzyna Retzer, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Genomics and Proteomics