Studium rekombinací vedoucích k předchůdcům SARS-CoV-2

Michal Tomášek

Bakalářská práce

Recombination between SARS-CoV-2 progenitors

Anotace:

Virus SARS-CoV-2 způsobující globální pandemii nemoci COVID-19 je zoonotického původu. Tato bakalářská práce se zabývá genetickým procesem rekombinace, který hraje roli při vývoji nových linií, variant a kmenů virů, přičemž je možné, že sehrál roli i v evoluční historii a při mezidruhovém přenosu koronaviru SARS-CoV-2 na člověka. Analýza provedená v rámci této práce využívá bioinformatické metody, které rekombinační události na sekvencích virových genomů nacházejí a porovnávají. Část literární rešerše se věnuje problematice zoonotických virů a zoonóz, které způsobují a to se zaměřením na koronaviry a SARS-CoV-2, jeho evoluci, hostitele a další procesy probíhající v rámci jeho infekčního cyklu. Výsledky práce zahrnují zejména identifikaci sekvencí virů, v nichž bylo možné nalézt rekombinace vedoucích ke vzniku předchůdců emergentního zoonotického koronaviru SARS-CoV-2, popis těchto rekombinačních událostí, jejich znázornění, popis vztahů mezi analyzovanými sekvencemi a interpretaci analýzy.

Abstract:

The SARS-CoV-2 virus causing the global pandemic of the disease COVID-19 is of zoonotic origin. This bachelor's thesis deals with the genetic process of recombination, which takes part in the development of new lineages, variants and strains of viruses. There is also a possibility it played a role in the evolutionary history and in the interspecies spillover transmission of the SARS-CoV-2 coronavirus to humans. The analysis performed in this thesis uses bioinformatics methods to find and compare recombination events on viral genome sequences. A literature review is devoted to the issue of zoonotic viruses and zoonoses they cause, with a primal focus on coronaviruses, particularly SARS-CoV-2, its evolution, hosts and other processes taking place within its infection cycle. The results of the work include the identification of virus sequences in which recombinations leading to the emergence of the precursors of the emergent zoonotic coronavirus SARS-CoV-2 could be found, the description of these recombination events, their visualisation, the description of the relationships between the analyzed sequences and the interpretation of the analysis.

Klíčová slova

SARS-CoV-2, rekombinace, koronavirus, COVID-19, zoonózy, virus, pandemie

Keywords

SARS-CoV-2, recombination, coronavirus, COVID-19, zoonoses, virus, pandemic

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 1. 4. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 5. 2023
• Vedoucí: RNDr. Jiří Černý, Ph.D.
• Oponent: Lukáš Konečný, Mgr.

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta tropického zemědělství

Bakalářský studijní program:
Aplikovaná ekologie