Refaktorizace kódu a implementace urychlujících algoritmů do programu AutoGrid

Bc. Marek Olšák

Bakalářská práce

Code Refactorization and Implementation of Algorithms Speeding-up AutoGrid

Anotace:

Obsahem této práce je nalezení, implementace a popis urychlujících metod do programu AutoGrid, který počítá prostorovou mřížku potenciálních energií okolo molekuly. Podrobně popisujeme použité datové struktury a algoritmy, stejně jako jejich paralelizaci na více procesorových jader. Zabýváme se také efektivní implementací výpočtu elektrostatických energií, které AutoGrid počítá, na grafických procesorech.

Abstract:

The content of this thesis is finding, implementing and describing acceleration methods in the program AutoGrid, which computes a spatial grid of potential energies around a molecule. We describe used data structures and algorithms in detail, as well as their parallelization on multi-core processors. We also deal with an efficient implementation of an electrostatic energy calculation, which AutoGrid performs, on graphics processors.

Klíčová slova

autogrid, cuda, gpu, openmp, optimalizace, optimization, molekulový doking, molecular docking, paralelizace, parallelization

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 2. 2010
• Vedoucí: RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika