Molekulárně genetická analýza genu ACTG1 u pacientů s vrozenou hluchotou

Jana ŠPAČKOVÁ

Bachelor's thesis

Molecular genetic analysis of the ACTG1 gene in patients with nonsyndromic deafness

Abstract:

Nesyndromová hluchota je onemocnění s prevalencí přibližně 1:1000 a zahrnuje všechny typy dědičnosti: autozomálně dominantní dědičnost, autozomálně recesivní dědičnost, X-vázanou dědičnost a dědičnost mitochondriální. Námi vyšetřovanému genu ACTG1 je připisována autozomálně dominantní postlingvální ztráta sluchu, jelikož bylo nalezeno spojení s oblastí chromozomu 17q25. Dosud bylo identifikováno nejméně 10 mutací v genu ACTG1, které způsobují nesyndromovou hluchotu DFNA20/26. Cílem této bakalářské práce bylo zkoumat gen ACTG1 a jeho vliv na vrozenou hluchotu. Přesněji zjistit, jaké polymorfismy či mutace se, s jeho souvislostí, u postižených vyskytují. Pro tento účel byla použita kombinace metod PCR, elektroforézy na PAA gelu a sekvenace DNA. Bylo vyšetřeno 37 pacientů na mutace v exonech 2, 3, 4 a 5 genu ACTG1. Byly rozpoznány (vyšetřeny) také i některé intronické varianty. U všech nalezených odchylek se jednalo o polymorfismy. Nebyla nalezena žádná mutace. Celkem bylo nalezeno 10 odchylek. Nejčastějším polymorfismem u těchto pacientů byla změna v exonu 5 na pozici c.918, kdy došlo k záměně původního cytosinu za tymin. Nejčastější variantou mimo exony byla záměna na pozici c.-6-83, kdy došlo k záměně původního tyminu za guanin v 5? nepřekládané oblasti.

Abstract:

Nonsyndromic deafness is a disease with a prevalence of approximately 1:1000 and includes all types of inheritance: autosomal dominant inheritance, autosomal recessive inheritance, X-linked inheritance and mitochondrial inheritance. Our investigated gene ACTG1 is attributed to autosomal dominant post-lingual hearing loss, as it was found together with chromosome regions 17q25. So far, there has been identified at least 10 mutations in the gene ACTG1 that cause nonsyndromic deafness DFNA20/26. The aim of this bachelor?s thesis was to investigate the gene ACTG1 and its effect on congenital deafness. More specifically, the goal was to identify what effects the polymorphisms or mutations, have on the affected patient. For this purpose, a combination of the methods of PCR, electrophoresis on PAA gel, and DNA sequencing was used. 37 patients were examined for mutations in exons 2, 3, 4 and 5 gene ACTG1. Some intronic variations were also recognized (examined). In the found deviations, all were related to polymorphisms. There was no mutation found. In total, 10 deviations were found. The most frequent polymorphism in these patients was the change in exon 5 at position c.918, when thymine was confused with the original cytosine. The most common variant exons outside was in the 5? untranslated region at position c.-6-83, when guanine was confused with the original thymine

Keywords

ACTG1, nesyndromová hluchota, aktiny, vláskové buňky

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 4. 2014

Accessible from:: 30. 4. 2014

Thesis defence

• Date of defence: 4. 6. 2014
• Supervisor: Mgr. Petra Tvrdá

University of Ostrava

Faculty of Medicine

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Laboratory Assistant