Vliv reprodukčních způsobů na ATGC architekturu ribozomálních genů sladkovodních lasturnatek

Kristýna Patočková

Bachelor's thesis

Role of reproductive modes on the AT/GC architecture of ribosomal genes in non-marine ostracods

Abstract:

Cílem této práce byl sběr a osvojení si preparace a determinace sladkovodních lasturnatek s důrazem na evolučně významné asexuální linie a příprava komplexní analýzy vlivu reprodukčních způsobů na AT/GC architekturu rRNA genů lasturnatek. Tyto asexuální linie reprezentují důležitou modelovou skupinu pro evoluční mechanizmy na molekulární úrovni, které dosud nejsou běžně analyzované u bezobratlých. Ribozomální geny představují nejarchaičtější frakci eukaryotického genomu, kterou je relativně snadné analyzovat i u bezobratlých a existuje velké množství veřejně dostupných sekvencí v online databázích. Současně se v GC obsahu ribozomálních genů může odrážet AT/GC kompoziční evoluce daného druhu event. celé taxonomické skupiny. Tudíž jsou tyto geny optimální frakcí genomu ke studiu elementárních mechanizmů operujících na úrovni DNA, jako je například meiotická rekombinace závislá na reprodukčním způsobu. K vypracování laboratorního protokolu pro izolaci DNA z mikroskopických lasturnatek byl použit materiál nasbíraný u jezera Biwa v Japonsku. K porovnání GC obsahu mezi asexuálními a sexuálně rozmnožujícími liniemi bylo použito sekvencí 28S rDNA (10 vlastních a 19 přístupných z GenBank). Obsah GC byl nepatrně vyšší u asexuálních druhů.

Abstract:

The aim of this work was to collect samples of freshwater ostracods and to master their dissection and determination with an emphasis on evolutionary significant asexual lineages and preparation of a complex analysis of the role of reproductive modes in the AT/GC architecture of ribosomal (rRNA) genes in ostracods. These asexual lineages represent an important model group for evolutionary mechanisms on molecular level that are not commonly analysed in invertebrates. Nuclear rRNA genes belong to the oldest fraction of eukaryotic genome, which is relative easy to analyse in invertebrates and there is a large number of publicly available sequences in online databases. At the same time, AT/GC compositional evolution of species or eventually whole taxa is reflected in GC content of rRNA genes. Thus, these genes are an optimal genomic fraction to study elementary mechanisms operating at the DNA level, such as meiotic recombination. To prepare the laboratory protocol for DNA isolation from microscopic ostracods, material collected at the Lake Biwa in Japan was used. For the comparison of GC content between asexual and sexual ostracod lineages, 28S rDNA sequences (10 produced in the framework of this thesis and 19 downloaded from the GenBank database) were used. GC content was slightly higher in asexual species.

Keywords

lasturnatky sladkovodní, reprodukční způsoby, rDNA, GC obsah

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 5. 2019

Thesis defence

• Date of defence: 19. 6. 2019
• Supervisor: Mgr. Radka Symonová, Ph.D.
• Reader: Marie Zhai

University of Hradec Králové

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biologie / Systematická biologie a ekologie