Diagnostika v ochraně rostlin založená na polymorfizmu DNA

Bc. Eliška Bartková

Master's thesis

Diagnostics in plant protection based on DNA polymorphism

Abstract:

ABSTRAKT Diplomová práce byla zaměřena na diagnostiku patogena Mycosphaerella graminicola pomocí PCR (polymerázové řetězové reakce). Konkrétně se jednalo o tyto metody: specifickou PCR a iPBS (inter-primer binding site) metodu. Pomocí iPBS metody se zjišťovala i mezidruhová variabilita patogena. Detekce druhu pomocí specifické PCR byla velice úspěšná a druh patogena se podařilo určit se stoprocentní úspěšností. Součástí sledovaného souboru patogena M. graminicola bylo zařazení i dvou vzorků patogena Microdochium spp. I iPBS metoda byla úspěšná a ukázala se jako vhodná k rozlišení různých patotypů patogena. Podařilo se významně odlišit dvě skupiny patogena, přičemž ale jednu z nich tvořil pouze jeden zástupce (pravděpodobně jiný patotyp). Na základě dosažených závěrů lze dojít k úsudku, že detekce patogena druhu Mycosphaerella graminicola za pomoci specifické polymerázové řetězové reakce je vhodná i pro diagnostiku patogena v praxi. Metoda iPBS je vhodná pro použití za účelem rozlišení patotypů patogena, co se ale týká její aplikace za účelem rozlišit od sebe jednotlivé druhy, není její použití například ve srovnání se specifickou PCR výhodné.

Abstract:

ABSTRACT The diploma thesis was focused on the diagnosis of the pathogen Mycosphaerella graminicola by PCR (polymerase chain reaction). Specifically, these methods were: the specific PCR method and the iPBS (inter-primer binding site) method. The interspecies variability of the pathogen was also determined using the iPBS method. Detection of the species by specific PCR was very successful and the pathogen species was determined with one hundred percent success. Two species of the pathogen Microdochium spp. were included among the species of the monitored pathogen M. graminicola. The iPBS method was also successful and proved to be suitable for distinction different pathotype of the pathogen. Two groups of pathogens were significantly distinguished, but one of them consisted of only one representative (probably a different pathotype). Based on the conclusions reached, it can be concluded that the detection of a pathogen of the species Mycosphaerella graminicola using a specific polymerase chain reaction is also suitable for the diagnosis this pathogen in practice. The iPBS method is suitable for use in distinguishing pathotype of pathogens, but as regards its application in order to distinguish between species; its use is not advantageous, for example, compared to specific PCR.

Keywords

variabilita, detekce, polymorfizmus DNA, septoriová skvrnitost pšenice, Mycosphaerella graminicola, Septoria tritici

Keywords

Septoria tritici, DNA polymorphism, Mycosphaerella graminicola, detection, variability, Septoria tritici blotch

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 20. 4. 2021

Thesis defence

• Supervisor: doc. Ing. Tomáš Vyhnánek, Ph.D.
• Reader: Lenka Nedomová, externi

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / field:
Plant Protection / Plant Protection