Nicolas Mokriš

Bachelor's thesis

Scheduling software for the parallel running of NGS analytical pipelines

Scheduling software for the parallel running of NGS analytical pipelines
Abstract:
Cílem práce je vyvinout software pro integraci genomických dat získaných sekvenováním nové generace. Vzniklý systém TaskRunner vystavuje API pomocí kterého lze zadávat nové úlohy a číst informace o dokončených sekvenacích a dostupných pipeline. TaskRunner interně spravuje kopírování potřebných dat a efektivní plánování a spouštění výpočetně náročných úloh. Práce popisuje problematiku, využité technologie …more
Abstract:
The goal of the thesis is to develop software for the integration of genomic data produced by next-generation sequencing. The resulting system TaskRunner provides an API for entering new tasks and reading information about the finished sequencing runs and the available pipelines. TaskRunner internally manages the copying of required data and effective planning and executing of computationally intensive …more
 

Keywords

PHP Nette Snakemake Docker parallel task scheduling data management API
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 5. 2021
Identifier: https://is.muni.cz/th/dyr9s/

Thesis defence

  • Date of defence: 30. 6. 2021
  • Supervisor: Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D.
  • Reader: RNDr. Lukáš Hejtmánek, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / field:
Informatics / Parallel and Distributed Systems

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.