Scheduling software for the parallel running of NGS analytical pipelines

Nicolas Mokriš

Bakalářská práce

Anotace:

Cílem práce je vyvinout software pro integraci genomických dat získaných sekvenováním nové generace. Vzniklý systém TaskRunner vystavuje API pomocí kterého lze zadávat nové úlohy a číst informace o dokončených sekvenacích a dostupných pipeline. TaskRunner interně spravuje kopírování potřebných dat a efektivní plánování a spouštění výpočetně náročných úloh. Práce popisuje problematiku, využité technologie, implementaci tohoto systému a metody použité pro plánování úloh.

Abstract:

The goal of the thesis is to develop software for the integration of genomic data produced by next-generation sequencing. The resulting system TaskRunner provides an API for entering new tasks and reading information about the finished sequencing runs and the available pipelines. TaskRunner internally manages the copying of required data and effective planning and executing of computationally intensive tasks. The thesis describes the subject matter, used technologies, implementation of the system, and methods used for task planning.

Keywords

PHP, Nette, Snakemake, Docker, parallel task scheduling, data management, API

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 30. 6. 2021
• Vedoucí: Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Lukáš Hejtmánek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Paralelní a distribuované systémy