Molekulární typizace bakterií mléčného kvašení rodu Bifidobacterium

Bc. Blanka Krulová

Diplomová práce

Molecular profiling of lactic acid bacteria

Anotace:

Diplomová práce byla zaměřena na rodovou a druhovou identifikaci a charakterizaci 19 terénních kmenů bifidobakterií, izolovaných z lidské stolice. Bakteriální DNA analyzovaných kmenů byla izolována metodou fenolové extrakce. Pro identifikaci bakterií byla využita rodově specifická PCR se 2 sadami rodově specifických primerů a druhově specifická PCR s 9 sadami druhově specifických primerů. Pro ověření správnosti identifikace byla dále využita metoda restrikční analýzy amplifikované ribozomální DNA (ARDRA) s využitím 4 restrikčních enzymů (BamHI, Sau3AI, Sau96I, NciI). Příbuznost mezi kmeny byla stanovena pomocí molekulárně typizačních metod rep-PCR s primerem (GTG5) a rep-PCR s primerem BOXA1R. Kombinací všech metod byly kmeny zařazeny do druhů: B. animalis, B. bifidum, B. breve, B. longum a B. adolescentis. Pět analyzovaných kmenů nebylo identifikováno jednoznačně.

Abstract:

The aim of the work was genus- and species-specific identification of 19 Bifidobacterium strains isolated from human stool samples. Bacterial DNAs were isolated using the phenol extraction method. There were used 2 genus- and 9 species-specific PCRs primers, restriction analysis of amplified ribosomal DNA (ARDRA) using 4 enzymes (BamHI, Sau3AI, Sau96I, NciI), and repetitive element sequence-based PCR (rep-PCR) with primers (GTG)5 and BOXA1R for identification. The analysed strains were identified by combination of all the used methods as the following species: B. animalis, B. bifidum, B. breve, B. longum, and B. adolescentis. Five of the analysed strains were not identified unambiguously.

Klíčová slova

Bifidobacterium, PCR, ARDRA, rep-PCR, identifikace (identification)

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2007

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2007
• Vedoucí: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Obecná biologie