Struktura, dynamika a vazebné vlastnosti cyklických a acyklických oligomerů obsahujících glykoluril

Bc. Matej Krajčo

Master's thesis

Structure, Dynamics, and Binding Properties of Cyclic and Acyclic Oligomers Containing Glycoluril

Anotácia:

Tato diplomová práce navazuje na současný výzkum v rozvíjející se oblasti cyklických a acyklických oligomerů glykolurilu. Shrnujeme in-formace o jejich syntéze, obecných vlastnostech, vazebných schopnos-tech a účincích na ligandy při jejich komplexaci. V experimentální části jsme sestavili 17 sys-témů obsahujících cyklické a acyklické oligomery glykolurilu v explicitním vodném rozpouštědle. Použili jsme simulace molekulární dynamiky k získání trajektorií dlouhých 1 μs (acyklické) a 200 ns (cyklické). Analýza trajektorií odhalila stabilitu konformací, strukturních parametrů a solvatačních vlastností.

Abstract:

This diploma thesis follows current research in the growing field of cyclic and acyclic oligomers of glycoluril. We summarise information about their synthesis, general properties, binding abilities, and effects on guests when complexed. In the experimental part, we built 17 sys-tems containing cyclic and acyclic oligomers of glycoluril in the explicit water solvent. We employed molecular dynamics simulations to obtain trajectories 1 μs (acyclic) and 200 ns (cyclic) long. Analysis of trajecto-ries revealed stability of conformations, structural parameters and solvation properties.

Keywords

glykoluril, cucurbit[n]uril, molekulární dynamika, hustotní mapy, acyklický cucurbit[n]uril, glycoluril, molecular dynamics, density maps, acyclic cucurbit[n]uril

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 5. 1. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 1. 2. 2022
• Vedúci: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Chemistry / Structural Chemistry