Mapping of protein non-coding functional regions of the barley genome using epigenetic feature profiling

Bc. Jana VYROUBALOVÁ

Diplomová práce

Abstract:

Teoretická část této diplomové práce obsahuje literární přehled zahrnující klíčové informace, které se týkají ječmene a epigenetiky, zejména informace o enhancerech a histonových modifikacích. Metody využívané k epigenetickému profilování, především ATAC-seq a ChIP-seq pro post-translační histonové modifikace, jsou taktéž popsány. Experimentální část je zaměřena na studium třech stádií ječmene - embryí 8 a 24 dní po opylení a 4denních klíčků. Tyto tkáně byly podrobeny ATAC-seq a ChIP-seq analýze. Sekvenační data byla zpracována a analyzována za pomoci bioinformatických nástrojů.

Abstract:

The theoretical part of this thesis contains a comprehensive literature review incorporating key information on barley plants and epigenetics, with emphasis on enhancers and histone modifications. It also describes how to study epigenetic landscapes, primarily the ATAC-seq and the histone marker ChIP-seq methods. In the experimental part of this work, barley embryos 8 days after pollination (DAP), 24 DAP and 4 days after germination (DAG) seedlings were collected and subjected to ChIP-seq and ATAC-seq analysis. Sequencing data processing and analysis followed using bioinformatical tools.

Keywords

barley, epigenetics, histones, post-translational histone modifications, ChIP-seq, ATAC-seq, enhancers, promoters

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 29. 4. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Pavla Navrátilová, PhD.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie