Struktura mikrobiálního ekosystému trávícího traktu jelena lesního (Cervus elaphus) chovaného v oborním chovu a ve volnosti

Jiří Šimůnek

Diplomová práce

Microbial ecosystem structure of the red deer (Cervus elaphus) digestive system breeded in game preserves and in free scope

Anotace:

Jelen evropský je schopen trávit nerozpustné polysacharidy pomocí symbiotickýchmikroorganismů kolonizující jeho trávicí trakt: bakterií, prvoků a anaerobních hub.V této práci jsme pomocí molekulárně genetických metod (denaturační gradientovégelové elektrofozéra DGGE, polymerázové řetězové reakce PCR) sledovali složenímikrobiální populace bachoru a exkrementů jelena evropského chovaného ve volnosti av oborním chovu. Typické skupiny mikroorganismů jsme kvantifikovali pomocí metodyPCR RealTime. Příbuznost detekovaných mikroorganismů byla ověřena pomocí metodyfylogenetických stromů.DGGE profily ukázaly vysoký stupeň diverzity mikrobiální populace každéhosubjektu. Sekvenační analýza odhalila, že většina sekvencí byla přiřazenak nekultivovaným a nekultivovaným bachorovým bakteriím. Dále byly detekoványsekvence odpovídající rodům Bacteroides, Ruminococus, Pseudomonas a Eubacterium.Výsledky metody PCR RealTime prokázaly v bachorovém obsahu jelenů z volněžijící populace vyšší počty skupiny klostridií a bakteroides. V počtech celkových bakterií,skupiny desulfovibrií, enterobakterií a bifidobakterií nebyly nalezeny významné rozdíly.Ve vzorcích exkrementů z oborního chovu byly detekovány vyšší počty celkovýchbakterií, klostridií a významně vyšší počty u skupiny aspergila a enterobakterií.

Abstract:

Red Deer is able to digest insoluble polysaccharides with symbiotic micro-organismscolonizing the digestive tract: mostly bacteria, protozoa and anaerobic fungi.In the presented work we described the composition of microbial population of the rumenand feces of farmed red deer and red deer kept in the wild by using of molecular genetictechniques (denaturing gradient gel electrophoresis DGGE, polymerase chain reactionPCR). Typical groups of microorganisms were quantified by RealTime PCR. Thephylogenic affinity of detected microorganisms was verified by the method of phylogenytrees.DGGE profiles revealed a high degree of diversity of microbial populations of eachsubject. That most sequenced samples were assigned to the uncultivated and uncultivatedruminal bacteria. Other detected sequences were corresponding to the genera Bacteroides,Ruminococcus, Pseudomonas and Eubacterium. RealTime PCR results shown in ruminalcontents from wild deer population increased numbers of bacteria belonging to group ofClostridia and Bacteroides. The numbers of total bacteria, Desulfovibrio, Bifidobacteriaand Enterobacteria groups were not found significant different. In the samples ofexcrement from deer park were found higher numbers of total bacteria, Clostridia group,and significantly higher numbers of Aspergillus and Enterobacteriaceae were detected.

Klíčová slova

jelen, bachor, mikroflóra, DGGE, qPCR

Keywords

deer, rumen, microbiota, DGGE, qPCR

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 8. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Petra Nováková, Ph.D.

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta lesnická a dřevařská

Magisterský studijní program:
Lesní inženýrství