Porovnání PCR protokolů detekujících fytoplazmy révy vinné

Ing. Jarmil Škop

Bachelor's thesis

Comparison of PCR protocols detecting grapevine phytoplasmas

Abstract:

Tato bakalářská práce pojednávala o fytoplazmách révy vinné, především se věnovala fyto-plazmovému zlatému žloutnutí révy, vědeckým jménem Grapevine flavescence dorée phy-toplasma, přenášené nejběžněji vektorem křískem révovým (Scaphoideus titanus). V práci se popisovaly metody detekce této fytoplazmy pomocí PCR protokolů, které byly optimali-zovány a testovány na adekvátním množství vzorků révy vinné (Vitis vinifera), plaménku plotního (Clematis vitalba) a olše lepkavé (Alnus glutinosa). Tyto detekční protokoly byly mezi sebou porovnány (citlivost, specificita, opakova-telnost, rychlost detekce) a vybrány ty s nejlepšími vlastnostmi. Jednalo se o dva real-time PCR, jeden direct PCR a dva nested PCR protokoly. Z nich se nejméně citlivým ukázal pro-tokol direct PCR fB1/rULWS1, který dosahoval citlivosti i opakovatelnosti až při o dva řády vyšší koncentraci patogenu než ostatní protokoly, které měly vzájemně mezi sebou citlivost a odpovídající opakovatelnost řádově podobnou. Jediný problém se specificitou se ukázal u protokolu nested PCR FD9f5/MAPr1 + FD9f6/MAPr2.

Abstract:

This bachelor's thesis deals with grapevine phytoplasmas, in particular with the Grapevine flavescence dorée phytoplasma, transmitted most commonly by the grapevine leafhopper vector (Scaphoideus titanus). In this work, methods for the detection of this phytoplasma were described using PCR protocols that were optimized and tested on an adequate number of samples of grapevine (Vitis vinifera), clematis (Clematis vitalba) and alder (Alnus gluti-nosa). These protocols were compared between each other (sensitivity, specificity, repeata-bility, detection rate) and the ones with the best characteristics were selected. These were two real-time PCR, one direct PCR and two nested PCR protocols. Of these, the direct PCR protocol fB1/rULWS1 proved to be the least sensitive, achieving sensitivity and repeatabil-ity at up to two orders of magnitude higher pathogen concentration than the other protocols, which had similar sensitivity and corresponding repeatability to each other. The only prob-lem with specificity was found with the nested PCR protocol FD9f5/MAPr1 + FD9f6/MAPr2.

Keywords

Grapevine flavescence dorée phytoplasma, diagnostika, PCR, real-time PCR, Vitis, Clematis, Alnus

Keywords

Clematis, Alnus, Grapevine flavescence dorée phytoplasma, diagnostics, PCR, real-time PCR, Vitis

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 5. 2024

Thesis defence

• Date of defence: 12. 6. 2024
• Supervisor: Ing. Tomáš Kiss, Ph.D.
• Reader: Miroslav Baránek, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of Horticulture

Bachelor programme / specializace:
Horticulture engineering / Viticulture and Viniculture