Optimalizace programu TE-nester pro vyhledávání fragmentovaných transpozonů

Ivan Vanát

Bachelor's thesis

Improvements of TE-nester, a software tool for nested transposon identification

Anotácia:

TE-nester je nástroj schopný vyhľadávať retrotranspozóny ako aj ich zanorenie. Tento program využíva de-novo detekciu LTR retrotranspozónov narozdiel od programov s obdobnou funkcionalitou. V tejto práci, predstavujeme vylepšenú verziu tohto nástroja ako napríklad kvalitnejšie výstupy, anotácia elementov a podpora multithreadingu. Všetky vylepšenia boli testované na syntetických ako aj reálnych biologických dátach.

Abstract:

TE-nester is a tool capable of not only retrotransposon discovery but also their nesting. It is an already existing program that utilizes a greedy algorithm combined with a de-novo long terminal repeat retrotransposon discovery, an approach that is different compared to the competitors. In this work, we present an improved version of said software with improved quality of outputs, implemented annotation of found elements, and capable of running concurrently among other fixes and improvements. All improvements had been tested and validated using both real-world and synthetic data.

Keywords

TE-nester, LTR retrotransposons, nesting, greedy algorithm, transposon detection

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 12. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 2. 2020
• Vedúci: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics