Optimalizace programu TE-nester pro vyhledávání fragmentovaných transpozonů – Ivan Vanát
Ivan Vanát
Bakalářská práce
Optimalizace programu TE-nester pro vyhledávání fragmentovaných transpozonů
Improvements of TE-nester, a software tool for nested transposon identification
Anotace:
TE-nester je nástroj schopný vyhľadávať retrotranspozóny ako aj ich zanorenie. Tento program využíva de-novo detekciu LTR retrotranspozónov narozdiel od programov s obdobnou funkcionalitou. V tejto práci, predstavujeme vylepšenú verziu tohto nástroja ako napríklad kvalitnejšie výstupy, anotácia elementov a podpora multithreadingu. Všetky vylepšenia boli testované na syntetických ako aj reálnych biologických …víceAbstract:
TE-nester is a tool capable of not only retrotransposon discovery but also their nesting. It is an already existing program that utilizes a greedy algorithm combined with a de-novo long terminal repeat retrotransposon discovery, an approach that is different compared to the competitors. In this work, we present an improved version of said software with improved quality of outputs, implemented annotation …více
Jazyk práce: angličtina
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 12. 2019
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/zkmv6/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 13. 2. 2020
- Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
- Oponent: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Citační záznam
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Fakulta informatikyMasarykova univerzita
Fakulta informatikyBakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika
Práce na příbuzné téma
- Žádné práce na příbuzné téma.