Analýza prometastatických signálních drah u nádorů prsu

Bc. Karolína Zoufalová

Master's thesis

Analysis of pro-metastatic signalling pathways in breast cancer

Abstract:

Tato diplomová práce se zaměřuje na nukleární faktor kappa B (NF-κB) signální dráhu, kdy její inhibice byla navrhnuta jako potenciální terapeutický přístup u různých typů nádorů. Teoretická část popisuje NF-κB dráhu a možnosti její inhibice a také poskytuje přehled proteomických a bioinformatických analytických nástrojů pro analýzu signálních drah. První část experimentální části práce se zaměřuje na testování a srovnávání vybraných inhibitorů NF-κB dráhy z hlediska jejich vlivu na viabilitu buněk a apoptózu. Dále se zabývá pathway analýzou funkčních proteomických experimentů proteinů hypoteticky souvisejících s NF-κB dráhou (karboxypeptidáza B1 (CPB1), PDZ a LIM domény obsahující protein 2 (PDLIM2), „ring finger protein 25“ (RNF25), stathmin 1 (STMN1) a TRAF3 interakčního proteinu 2 (TRAF3IP2)), která odhalila nové možné kooperace proteinů zapojených do proliferace buněk, organizace cytoskeletu, adheze a apoptózy. Poslední část práce je věnována in silico analýze funkčních vztahů mezi výše uvedenými proteiny a NF-κB dráhou a shrnuje mechanismy, na které by se potenciálně mohla zaměřit přesnější léčba časných nádorů prsu.

Abstract:

The thesis focuses on nuclear factor kappa B (NF-κB) signalling pathway, the inhibition of which has been suggested as a potential therapeutic approach in several cancers. Theoretical part of the thesis describes the NF-κB pathway itself and the options of its inhibition. It also provides an overview of the proteomics and bioinformatics analytical tools of signalling pathways. The first part of experimental section focuses on testing of selected NF-κB inhibitors, their effects on cell viability and apoptosis, and their comparison in this term. Then, pathway analysis of functional proteomics experiments on proteins hypothetically connected to NF κB (carboxypeptidase B1 (CPB1), PDZ and LIM domain protein 2 (PDLIM2), ring finger protein 25 (RNF25), stathmin 1 (STMN1) and TRAF3-interacting protein 2 (TRAF3IP2)) revealed new potentially cooperating proteins with function in cell proliferation, cytoskeletal organization, cell adhesion, and apoptosis. Last, in silico analysis of functional relationships between the above mentioned proteins and NF-κB pathway recapitulates the mechanisms, which should be potentially targeted in more precise treatment of early breast cancer.

Keywords

NF-κB, karcinom prsu, NF-κB inhibitory, průtoková cytometrie, pathway analýza, analýza protein-proteinových interakcí, STRING, Cytoscape, KEGG, breast cancer, NF-κB inhibitors, flow cytometry, pathway analysis, analysis of protein-protein interactions

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 11. 5. 2016

Thesis defence

• Date of defence: 1. 6. 2016
• Supervisor: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Analytical Biochemistry