Organizace a lokalizace genů pro ribozomální RNA u řas

Bc. Oliver Lényi

Bachelor's thesis

Ribosomal RNA gene organisation and localization in algae

Abstract:

45S ribosomal DNA organization (rDNA) and 5S rDNA clusters were investigated in the genome of selected representatives of different lineages of algae using PCR and Southern hybridization. Four methods of genomic DNA isolation were tested in order to identify the best method for different groups of algae. As a result, it is best to use the method of proteinase K, which is used mainly for algae that do not contain too many polyphenols. Otherwise, it was shown that it is better to choose the method using ascorbic acid and cetyl trimethylammonium bromide. Linked or separated type of rDNA organization was identified in some algal representatives. It was found that the 5S genes are solely separated from 45S in all tested algae from order Chlamydomonadales. Representatives of orders Sphaeropleales and Trebouxiophyceae contain either linked or separated types. Ulvophyceae includes linked type and Prasinophyceae separated type.

Abstract:

V této bakalářské práci byly zkoumány organizace 45S ribozomální DNA (rDNA) a 5S rDNA klastrů v genomu vybraných zástupců jednotlivých vývojových linií řas pomocí PCR a Southern hybridizace. Dále byly testovány 4 metody izolace genomové DNA s cílem nalézt nejvhodnější postup pro jednotlivé skupiny řas. Ve výsledku je nejlepší použít metodu proteinázy K, která je nejvhodnější, pokud řasy neobsahují příliš mnoho znečišťujících polyfenolických látek. V opačném případě se ukázalo, že je lepší zvolit metodu využívající kyselinu askorbovou a cetyl trimethylamonium bromid. U některých zástupců bylo identifikováno oddělené a u některých spojené uspořádání rDNA. Bylo zjištěno, že 5S rDNA geny všech testovaných řas z Chlamydomonadales jsou odděleny od 45S. Zástupci Sphaeropleales a Trebouxiophyceae buď obsahují oddělený nebo spojený typ. Ulvophyceae obsahuje spojený typ a Prasinophyceae oddělený typ.

Kľúčové slová

5S ribosomal RNA, genomic DNA isolation, algae, intergene spacer, molecular evolution, 45S gene organization, 5S ribozomálna RNA, izolácia genómovej DNA, riasy, intergénový medzerník, molekulárna evolúcia, usporiadanie 45S génu

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 6. 1. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 1. 6. 2016
• Vedúci: Mgr. Jana Fulnečková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Applied Biochemistry / Applied Biochemistry