Biologické aspekty domestikace kulturních plodin

Anna Jánová

Bachelor's thesis

Biological Aspects of Crop Domestication

Abstract:

Předmětem této práce je studium genetické podstaty jednoho z klíčových domestikačních znaků u hrachu, pukavosti lusku. Práci předcházelo masivně paralelní sekvenování 3' konců cDNA (metoda MACE), díky kterému byla analyzována mRNA izolovaná ze švů lusků. Byly použity dvě rodičovské linie JI64 (Pisum sativum ssp. elatius L.) planý hrách s pukavými lusky, JI92 (Pisum sativum ssp. sativum L.) kulturní hrách s nepukavými lusky a dále rekombinantní inbrední linie (RILs), které vznikly reciprokým křížením obou rodičovských linií. Pomocí MACE analýzy bylo generováno 10 mil. čtení a identifikováno celkem 7 tis. genů, ze kterých bylo jen 77 se statisticky průkazným rozdílem mezi vzorky s pukavými a nepukavými lusky. Z nich byly do této práce vybrány pouze tři. Exprese těchto tří kandidátních genů pro pukavost lusku byla stanovena pomocí kvantitativní PCR v reálném čase (qRT-PCR). Na základě průběhu qRT-PCR byly vypočteny hodnoty Ct. Výsledkem je grafické znázornění míry exprese těchto kandidátních genů obou studovaných linií hrachu v průběhu dozrávání lusků.

Abstract:

The theme of this work is the examining of one of the key genetic principles in domestication traits in pea pod dehiscence. First, this work was preceded by the employment of the method called MACE (Massive Analysis of cDNA Ends). The method analyzed the mRNA which was isolated from pod sutures. The two parental lines were used JI64 (Pisum sativum ssp. elatius L.) wild field pea with dehiscent pods, JI92 (Pisum sativum ssp. sativum L.) landrace with indehiscent pods and RILs (Recombinant inbred lines) of reciprocal hybridization of both. As a result of the MACE analysis ten million reads were generated and seven thousand genes were identified only seventy seven genes differed with statistical significance in the samples with dehiscent and indehiscent pods. For the purpose of this work only three of them were used. Expression of these three candidate genes were assigned using Real-Time qRT-PCR for pod dehiscence. Base on qRT-PCR process the Ct values were calculated. The result of this work is the graphical view of expression volume of these candidate genes for both field pea lines during pod maturation.

Keywords

Pisum sativum L., pukavost lusku, domestikace, qRT-PCR

Keywords

domestication, pod dehiscence, qRT-PCR, Pisum sativum L.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 28. 4. 2016

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Pavel Hanáček, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of Agronomy

Bachelor programme / field:
Agrobiology / Plant Biotechnology